Historioitsijat luulivat aikoinaan, että Yhdysvaltain armeijan upseeri Abner Doubleday keksi baseballin vuonna 1839 Cooperstownissa, New Yorkissa. Nyt useimmat historioitsijat ovat kuitenkin yhtä mieltä siitä, että baseball kehittyi englantilaisesta pelistä nimeltä rounders. Englantilaiset lapset pelasivat roundersia 1700-luvulla. Peli muistutti melko paljon nykyistä baseballia. Siinä oli yhdeksänjäseniset joukkueet ja timantinmuotoinen sisäkenttä, jonka kulmilla oli pesät.

Vuonna 1845 Alexander Cartwright järjesti Knickerbocker Base Ball Clubin New Yorkissa. Seura koostui amatööripelaajista (pelaajista, joille ei maksettu palkkaa). Klubi kokosi pelisäännöt. Monet näistä säännöistä ovat edelleen käytössä.

Vuonna 1869 Cincinnati Red Stockings alkoi maksaa pelaajille palkkaa.punasukkia pidetään ensimmäisenä baseball-ammattilaisjoukkueena. Kaksi vuotta myöhemmin yhdeksänjoukkuetta perusti ensimmäisen ammattilaispesäpalloyhdistyksen. Vuonna 1876 perustettiin NationalLeague. American League perustettiin vuonna 1900 National Leaguen kilpailijaksi.

Afrikanamerikkalaiset eivät saaneet pelata kummassakaan liigassa ennen 1940-lukua. He pelasivat 1920-luvulta 1940-luvulle asti ns. neekeriliigoissa. Jotkut kaikkien aikojen parhaista pelaajista, kuten Josh Gibson, CoolPapa Bell ja Buck Leonard, pelasivat koko uransa baseballin pääsarjan ulkopuolella. Vuonna 1947 Jackie Robinson liittyi Brooklyn Dodgersiin. Hänestä tuli ensimmäinen afroamerikkalainen, joka pelasi pääsarjajoukkueessa. Pian monet muut seurasivat häntä. Neekeriliigat hajosivat 1960-luvulla.

Tänään kansallinen ja amerikkalainen liiga on yhdistetty organisaatioon nimeltä Major League Baseball. Kahden liigan kesken on jaettu 30 ammattilaisjoukkuetta. Vuodesta 1903 lähtien kummankin liigan parhaat joukkueet ovat kilpailleet World Series -nimisessä mestaruuskilpailussa.

Major League Baseballin joukkueet sijaitsevat kaikki Pohjois-Amerikassa. Mutta laji on suosittu myös muualla maailmassa. Ammattilaisliigoja on Latinalaisessa Amerikassa, Itä-Aasiassa, Euroopassa ja Australiassa. Latinalaisessa Amerikassa baseball on erityisen suosittua Dominikaanisessa tasavallassa, Meksikossa, Puerto Ricossa ja Venezuelassa. Yhdysvalloista kotoisin olevat pelaajat pelaavat näiden maiden joukkueissa, ja monet Yhdysvaltojen ulkopuolelta kotoisin olevat pelaajat pelaavat pääsarjajoukkueissa.

Naiset ovat pelanneet baseballia 1860-luvulta lähtien. Tällä hetkellä ei kuitenkaan ole noprofessiojoukkueita naisille. 1940-luvulla laji häiriintyi, kun monet pelaajat lähtivät taistelemaan toiseen maailmansotaan. Jotta ihmiset menisivät edelleen peleihin, perustettiin All-AmericanGirls Professional Baseball League. Se kesti vuodesta 1943 vuoteen 1954.

Yhdysvalloissa harrastajapesäpalloa pelataan lukioissa ja korkeakouluissa. Nuoremmat lapset kaikkialla maailmassa pelaavat baseballia Little League -järjestelmässä. Joka vuosi kaksi parasta joukkuetta kilpailee Little League World Series -kilpailussa.

Joka vuosi kaksi parasta joukkuetta kilpailee Little League World Seriesissä.