Az NBA-ből való visszavonulását követően Thomas a Toronto Raptors bővülő csapatának résztulajdonosaként és ügyvezető alelnökeként vállalt front office pozíciót. Volt az Indiana Pacers vezetőedzője, a New York Knicks elnöke, általános igazgatója és vezetőedzője, valamint a Continental Basketball Association tulajdonosa. Emellett a Florida International University férfi kosárlabdacsapatának vezetőedzőjeként is dolgozott.

Az újító és vállalkozó Thomas 1999-ben megalapította az Enlighten Sports Inc. nevű, teljes körű szolgáltatást nyújtó, sportmarketingre szakosodott webfejlesztő csoportot. Amikor a Kontinentális Kosárlabda Szövetségnél dolgozott, Thomas partnerséget indított az Enlighten Sports, a Coloradói Egyetem és a CBA között. Az új weboldalak lehetővé tették a szurkolók számára, hogy élő meccsközvetítéseket nézzenek, élő dobótérképeket használjanak, csevegjenek a játékosokkal és még sok minden mást. Thomas szerint az internet “szerves része volt annak a stratégiának, hogy a szurkolók számára vonzó és szórakoztató tartalmat nyújtsunk”. Emellett, amíg Thomas a Kontinentális Kosárlabda Szövetségnél dolgozott, partnerséget indított a SEASONTICKET.com-mal, hogy személyre szabott videókiemeléseket és pontszámokat juttasson el a szurkolókhoz az egész országban, valamint portálként szolgáljon az All-Star Liga szavazásához. Thomas előrelátóan felismerte, hogy a streaming videó lesz a hírek és a szórakoztatás jövője.

Thomas üzleti karrierjét NBA-s pályafutása közepén kezdte. Szabadidejében üzleti és kapcsolódó témákról olvasott, kapcsolatokkal találkozott, és végül egy sor vállalkozásba fektetett be, köztük egy nagy nyomdai franchise-láncba, az American Speedy Printingbe. Ahogy üzleti mentora és partnere, Rick Inatome kifejtette: “Ő a “képzeld el, és azzá válik” meghatározó tanulmánya” – ezt a mottót Thomas továbbra is minden üzleti vállalkozásában alkalmazza.

Az Isiah International elnök-vezérigazgatójaként Thomas sikeresen alkalmazza ezt a szellemiséget az üzleti világban, mivel olyan vállalatokat épített, amelyek a hulladékeltávolításra & újrahasznosításra, a többcsaládos házakra és a sportiparra specializálódtak. Thomas emellett négy vállalat egyedüli tulajdonosa: Isiah International Holdings, egy befektetési holdingtársaság, a GRE3N, az Isiah International Real Estate, egy többlakásos ingatlanfejlesztő cég, és az Isiah Capital, egy magántőke-befektetési társaság. Thomas emellett lányával, Laurennel együtt társtulajdonos a hulladékeltávolítás testvérvállalatának, a RE3 Recyclingnek is. Legutóbb Thomas egy 300 millió dolláros fejlesztési üzletben is részt vett, amely egy 9,5 hektáros területen lévő vegyes használatú komplexumra irányul az Illinois-i Orvosi Körzeti Bizottságnál. Isiah tagja a Cannabis Trade Federation Diversity, Equity and Inclusion Task Force-nak is. A DEI munkacsoportot a kisebbségi vállalkozások és a kannabiszipar prominens nemzeti vezetőinek sokszínű és tapasztalt gyűjteménye alkotja.