Nach seinem Ausscheiden aus der NBA übernahm Thomas eine Position im Front Office als Teilhaber und Executive Vice President des Expansionsteams Toronto Raptors. Er war Cheftrainer der Indiana Pacers, Präsident, General Manager und Cheftrainer der New York Knicks und Eigentümer der Continental Basketball Association. Außerdem war er Cheftrainer der Basketballmannschaft der Männer an der Florida International University.

Als Innovator und Unternehmer gründete Thomas 1999 Enlighten Sports Inc. eine auf Sportmarketing spezialisierte Webentwicklungsgruppe. Als er bei der Continental Basketball Association tätig war, initiierte Thomas Partnerschaften mit Enlighten Sports und der University of Colorado und der CBA. Die neuen Websites ermöglichten es den Fans, Live-Übertragungen von Spielen zu sehen, Live-Schussdiagramme zu nutzen, mit Spielern zu chatten und vieles mehr. Thomas sagte, das Internet sei „ein wesentlicher Bestandteil der Strategie, den Fans ansprechende und unterhaltsame Inhalte zu bieten“. Während seiner Zeit bei der Continental Basketball Association startete er eine Partnerschaft mit SEASONTICKET.com, um den Fans im ganzen Land personalisierte Video-Highlights und Spielstände zu bieten und als Portal für die All-Star League-Abstimmung zu dienen. Thomas erkannte vorausschauend, dass Video-Streaming die Zukunft von Nachrichten und Unterhaltung sein würde.

Thomas begann seine Geschäftskarriere in der Mitte seiner NBA-Zeit. In seiner Freizeit informierte er sich über geschäftliche und verwandte Themen, traf Kontakte und investierte schließlich in eine Reihe von Unternehmungen, darunter eine große Franchisekette für Druckereien, American Speedy Printing. Sein Mentor und Geschäftspartner Rick Inatome erklärte: „Er ist der Inbegriff von ‚picture it and it becomes'“ – ein Motto, das Thomas auch heute noch bei all seinen geschäftlichen Unternehmungen anwendet.

Als Vorsitzender und CEO von Isiah International wendet Thomas diesen Geist erfolgreich auf die Geschäftswelt an und hat Unternehmen aufgebaut, die sich auf Abfallbeseitigung &, Recycling, Mehrfamilienhäuser und die Sportindustrie spezialisiert haben. Thomas ist auch der alleinige Eigentümer von vier Unternehmen: Isiah International Holdings, einer Beteiligungsgesellschaft, GRE3N, Isiah International Real Estate, einem Unternehmen für die Entwicklung von Mehrfamilienhäusern, und Isiah Capital, einer privaten Kapitalbeteiligungsgesellschaft. Thomas ist außerdem zusammen mit seiner Tochter Lauren Miteigentümer des Schwesterunternehmens der Abfallbeseitigung, RE3 Recycling. Kürzlich war Thomas auch an einem 300-Millionen-Dollar-Entwicklungsgeschäft für einen Mischnutzungskomplex auf einem 9,5 Hektar großen Grundstück der Illinois Medical District Commission beteiligt. Isiah ist auch Mitglied der Cannabis Trade Federation Diversity, Equity, and Inclusion Task Force. Die DEI-Task Force besteht aus einer vielfältigen und erfahrenen Gruppe von prominenten nationalen Minderheitenunternehmen und führenden Vertretern der Cannabisbranche.