Na zijn pensionering uit de NBA, nam Thomas een front office positie aan als mede-eigenaar en Executive Vice President van het Toronto Raptors expansion team. Hij diende als hoofdcoach van de Indiana Pacers, President, General Manager en Hoofd Coach van de New York Knicks en was eigenaar van de Continental Basketball Association. Hij was ook hoofd basketbalcoach aan de Florida International University.

Een vernieuwer en ondernemer, Thomas richtte Enlighten Sports Inc op, een full-service webontwikkelingsgroep gespecialiseerd in sportmarketing in 1999. Toen hij bij de Continental Basketball Association werkte, lanceerde Thomas partnerships met Enlighten Sports en de University of Colorado en de CBA. De nieuwe websites stelden fans in staat om live game webcasts te bekijken, live shot charts te gebruiken, te chatten met spelers en meer. Thomas zei dat het internet “een integraal onderdeel was van de strategie om fans boeiende en onderhoudende inhoud te bieden”. Toen Thomas nog bij de Continental Basketball Association werkte, lanceerde hij ook een partnerschap met SEASONTICKET.com om gepersonaliseerde videohoogtepunten en scores naar fans in het hele land te brengen en een portaal te zijn voor het stemmen voor de All-Star League. Met Thomas’ vooruitziende blik, realiseerde hij zich dat streaming video de toekomst van nieuws en entertainment zou zijn.

Thomas begon zijn zakelijke carrière halverwege zijn NBA ambtstermijn. In zijn vrije tijd las hij over zaken en aanverwante zaken, ontmoette contacten en investeerde uiteindelijk in een reeks ondernemingen, waaronder een grote keten van drukkerij franchises, American Speedy Printing. Zoals zijn zakenmentor en partner Rick Inatome uitlegde, “Hij is de definitieve studie van ‘beeld het en het wordt'” – een motto dat Thomas blijft toepassen op al zijn zakelijke ondernemingen.

Als voorzitter en CEO van Isiah International, past Thomas die geest met succes toe op de zakenwereld, na bedrijven te hebben gebouwd die gespecialiseerd zijn in afvalverwijdering & recycling, meergezinswoningen en de sportindustrieën. Thomas is ook de enige eigenaar van vier bedrijven: Isiah International Holdings, een investeringsmaatschappij, GRE3N, Isiah International Real Estate, een multi-woningontwikkelingsbedrijf, en Isiah Capital, een private equity investeringsmaatschappij. Thomas is ook mede-eigenaar van het zusterbedrijf van de afvalverwijderaar, RE3 Recycling, samen met zijn dochter, Lauren. Recentelijk is Thomas ook betrokken bij een ontwikkelingsdeal van $300 miljoen voor een complex voor gemengd gebruik op een stuk grond van 9,5 hectare bij de Illinois Medical District Commission. Isiah zit ook in de Cannabis Trade Federation Diversity, Equity, and Inclusion Task Force. De DEI Task Force bestaat uit een diverse en ervaren verzameling van prominente nationale minderheidsbedrijfsleiders en leiders uit de cannabisindustrie.