Hlavní článek: Lingvistické souvislosti mezi Madagaskarem, Polynésií a jihovýchodní Asií byly evropskými autory rozpoznány již na počátku koloniální éry, zejména pozoruhodná podobnost mezi malgašskými, malajskými a polynéskými číslovkami. První oficiální publikace o těchto vztazích pochází z roku 1708 od nizozemského orientalisty Adriaana Relanda, který rozpoznal „společný jazyk“ z Madagaskaru do západní Polynésie; ačkoli nizozemský badatel Cornelis de Houtman si jazykové vazby mezi Madagaskarem a Malajským souostrovím uvědomil také dříve než Reland v roce 1603.

Španělský filolog Lorenzo Hervás y Panduro později věnoval velkou část svého díla Idea dell‘ Universo (1778-1787) stanovení jazykové rodiny spojující Malajský poloostrov, Maledivy, Madagaskar, Sundské ostrovy, Moluky, Filipíny a tichomořské ostrovy na východ až po Velikonoční ostrov. Tuto klasifikaci potvrdilo více dalších autorů (s výjimkou chybného zařazení maledivštiny) a jazyková rodina se začala označovat jako „malajsko-polynéská“, kterou poprvé použil německý lingvista Franz Bopp v roce 1841 (německy malayisch-polynesisch). Spojení mezi jihovýchodní Asií a tichomořskými ostrovy si všimli i další evropští badatelé, včetně orientalisty Williama Marsdena a přírodovědce Johanna Reinholda Forstera.

V doktorské disertaci z roku 1775 nazvané De Generis Humani Varietate Nativa (přeloženo: O přirozených odrůdách lidstva) nastínil Johann Friedrich Blumenbach hlavní lidské rasy podle barvy pleti, zeměpisu a rozměrů lebky; konkrétně „Kavkazany“ (bílé), „Etiopany“ (černé), „Američany“ (červené) a „Mongoly“ (žluté). Blumenbach ve druhém vydání De Generis (1781) přidal Austronésany jako pátou kategorii ke svým „odrůdám“ lidí. Původně je seskupil podle geografického hlediska, a tak Austronésany nazval „lidmi z jižního světa“. Ve třetím vydání publikovaném v roce 1795 nazval Austronésany „malajskou rasou“ nebo „hnědou rasou“ podle studií Josepha Bankse, který se účastnil první plavby Jamese Cooka. Blumenbach používal termín „Malajci“ kvůli svému přesvědčení, že většina Austronésanů hovořila „malajským idiomem“ (tj. austronéskými jazyky), ačkoli nechtěně způsobil pozdější záměnu své rasové kategorie s lidem Melayu. Dalšími odrůdami, které Blumenbach identifikoval, byli „Kavkazané“ (bílí), „Mongolové“ (žlutí), „Etiopané“ (černí) a „Američané“ (červení). Blumenbachova definice malajské rasy se do značné míry shoduje s moderním rozdělením austronéských národů, které zahrnuje nejen ostrovní jihovýchodní Asiaty, ale také obyvatele Madagaskaru a tichomořských ostrovů. Přestože Blumenbachova práce byla později využita ve vědeckém rasismu, Blumenbach byl monogenista a nevěřil, že lidské „odrůdy“ jsou ze své podstaty navzájem méněcenné. Věřil však v „degenerativní hypotézu“ a domníval se, že malajská rasa je přechodnou formou mezi Kavkazany a Etiopany.

Malajská varieta. Tmavě zbarvená; vlasy černé, měkké, kudrnaté, husté a bohaté; hlava mírně zúžená; čelo mírně naběhlé; nos plný, poměrně široký, jakoby rozptýlený, konec silný; ústa velká, horní čelist poněkud vystouplá s částmi obličeje při pohledu z profilu, dostatečně výraznými a navzájem odlišnými. Tato poslední odrůda zahrnuje obyvatele ostrovů v Tichém oceánu spolu s obyvateli Mariánských, Filipínských, Moluckých a Sundských ostrovů a Malajského poloostrova.Chtěl bych ji nazvat malajskou, protože většina lidí této variety, zejména ti, kteří obývají indické ostrovy v blízkosti Malackého poloostrova, stejně jako obyvatelé Sandwichských, Společenských a Přátelských ostrovů, a také Malambiové z Madagaskaru až po obyvatele Velikonočního ostrova, používají malajský idiom.

– Johann Friedrich Blumenbach, Antropologická pojednání Johanna Friedricha Blumenbacha, přeložil Thomas Bendyshe, 1865.

V 19. století se však vědecký rasismus přikláněl ke klasifikaci Austronésanů jako podskupiny „mongolské“ rasy, stejně jako k polygenismu. Také australomelanéské populace jihovýchodní Asie a Melanésie (které Blumenbach původně klasifikoval jako „podrasu“ „malajské“ rasy) byly nyní autory jako Georges Cuvier, Conrad Malte-Brun, Julien-Joseph Virey a René Lesson považovány za samostatnou „etiopskou“ rasu.

Britský přírodovědec James Cowles Prichard původně následoval Blumenbacha a považoval Papuánce a původní Australany za potomky stejného rodu jako Austronésany. Ve třetím vydání jeho knihy Researches into the Physical History of Man (1836-1847) se však jeho práce vlivem polygenismu více rasizovala. Národy Austronésie rozdělil do dvou skupin: „Malajsko-polynésané“ (zhruba odpovídající austronéským národům) a „Kelænonesané“ (zhruba odpovídající australomelanéským národům). Ty dále rozdělil na „Alfoury“ (také „Harafory“ nebo „Alfoëry“, původní Australany) a „Pelagické nebo oceánské černochy“ (Melanésany a západní Polynésany). Přesto uznává, že „Malajsko-polynésané“ a „pelagičtí černoši“ měli „pozoruhodné společné znaky“, zejména pokud jde o jazyk a kraniometrii.

V roce 1899 rakouský lingvista a etnolog Wilhelm Schmidt zavedl pro označení jazykové rodiny termín „austronéský“ (německy: austronesisch, z latinského auster, „jižní vítr“; a řeckého νῆσος, „ostrov“). Termín „austronéský“, přesněji „austronésky mluvící národy“, se vžil pro označení lidí, kteří mluví jazyky austronéské jazykové rodiny.

.