As quatro principais vias de processamento e apresentação de antígenos são exógenas, endógenas, de apresentação cruzada e autofágicas. Os APCs profissionais engolfam antígenos e expressam MHC classe II e moléculas co-estimulatórias de forma indutiva ou constitutiva. Os DC maduros podem ativar células Tc e Th naïve, effector e memória, enquanto os macrófagos e as células B apresentam antígenos apenas para as células T effector e memória. A maturação da DC é desencadeada pelo engajamento PRR pelos DAMPs/PAMPs mais as citocinas pró-inflamatórias. Na via exógena, os antígenos extracelulares são internalizados por APCs e degradados a peptídeos dentro dos endossomos. Esses peptídeos são ligados a MHC classe II e transportados para a superfície APC para reconhecimento pelas células T CD4++ (geralmente Th). Na via endógena, os antígenos intracelulares derivados de células hospedeiras infectadas ou transformadas são degradados a peptídeos por proteasomas. Estes peptídeos são ligados a MHC classe I no ER e transportados para a superfície da célula alvo para reconhecimento pelas células T CD8++ (geralmente CTL). A apresentação cruzada é a apresentação em MHC classe I de peptídeos a partir de antígenos extracelulares. Apresentação autofágica é a apresentação em MHC classe II de peptídeos a partir de antígenos intracelulares. Moléculas não clássicas de MHC classe Ib apresentam peptídeos para subconjuntos de αβ e γδ células T. As proteínas CD1 do tipo MHC apresentam antígenos à base de lipídios para os subconjuntos de células αβ T, γδ T e NKT.