Cele patru căi majore de procesare și prezentare a antigenelor sunt: exogenă, endogenă, de prezentare încrucișată și autofagică. APC-urile profesionale înghit antigene și exprimă MHC clasa II și molecule costimulatoare fie în mod inductiv, fie constitutiv. DC mature pot activa celulele Tc și Th naive, efectoare și de memorie, în timp ce macrofagele și celulele B prezintă antigenul doar celulelor T efectoare și de memorie. Maturizarea DC este declanșată prin angajarea PRR de către DAMPs/PAMPs și citokine proinflamatorii. În calea exogenă, antigenele extracelulare sunt internalizate de APC și degradate în peptide în endosomi. Aceste peptide se leagă la MHC clasa II și sunt transportate la suprafața APC pentru a fi recunoscute de celulele T CD4++ (de obicei Th). În calea endogenă, antigenele intracelulare derivate din celulele gazdă infectate sau transformate sunt degradate în peptide de către proteazomi. Aceste peptide sunt legate de MHC clasa I în ER și sunt transportate la suprafața celulei țintă pentru a fi recunoscute de celulele T CD8++ (de obicei CTL). Prezentarea încrucișată este afișarea pe MHC clasa I a peptidelor din antigene extracelulare. Prezentarea autofagică este reprezentarea pe MHC clasa II a peptidelor din antigene intracelulare. Moleculele MHC de clasă Ib neclasice prezintă peptide unor subgrupuri de celule T αβ și γδ. Proteinele MHC-like CD1 prezintă antigene pe bază de lipide la subseturile de celule αβ T, γδ T și NKT.

.