Oken minden írása egy feltételezett elv deduktív illusztrációja, amelyet a transzcendentális iskola más filozófusaival együtt a természet összes rejtélyének magyarázatával egyenlőnek tartott. Szerinte a fej a törzs megismétlődése – egyfajta második törzs, végtagjaival és egyéb függelékeivel együtt; megfigyeléseinek és összehasonlításainak ezt az összegzését – amelyek közül csak keveset közölt valaha is részletesen – mindig szem előtt kell tartani, ha összehasonlítjuk az Oken által a homológiai anatómiában vállalt részt a tudomány e filozófiai ágának más művelői által elért eredményekkel. A koponya, illetve a koponya részei és a gerincoszlop közötti analógia gondolatát korábban Johann von Autenrieth (1772-1835) és Carl Kielmeyer (1765-1844) előadásaiban, valamint Johann Frank (1745-1821) írásaiban fejtette ki és szellőztette meg. Oken főként Schelling misztikus rendszerének illusztrálására alkalmazta – a “minden-az-mindent” és a “minden-mindent-mindent”. Oken legkorábbi és legkésőbbi, e témával foglalkozó írásaitól kezdve “a fej az egész törzs ismétlése, annak minden rendszerével együtt: az agy a gerincvelő; a koponya a gerincoszlop; a száj a belek és a hasüreg; az orr a tüdő és a mellkas; az állkapocs a végtagok; a fogak pedig a karmok vagy körmök”. Johann von Spix (1781-1826) Cephalogenesis című fóliánsában (1818) gazdagon illusztrálta az összehasonlító kraniológiát, de a tényeket ugyanebben a transzcendentális köntösben mutatta be; Georges Cuvier (1769-1832) pedig kihasználta Schelling e tanítványainak túlzásait, hogy nevetségessé tegye a részeknek az archetípushoz való magasabb rendű viszonyára irányuló egész vizsgálatot, amelyet Sir Richard Owen (1804-1892) “általános homológiáknak” nevezett.”

A koponya csigolyaelmélete gyakorlatilag eltűnt az anatómiai tudományból, amikor Cuvier munkássága a végéhez közeledett. Owen Archetype and Homologies of the Vertebrate Skeleton című művében a gondolatot nemcsak felelevenítette, hanem először dolgozta ki induktív módon, és az elméletet helyesen a következőképpen fogalmazta meg: “A fej nem a törzs virtuális megfelelője, hanem csak egy része, azaz bizonyos módosított szegmensei az egész testnek. Az állkapcsok az első két szegmens “vérboltozatai”; ezek nem a fej végtagjai.” (176. o.)

Mivel azonban Oken homályosan és furcsán elegyítette a gondolatot a fej természetéről alkotott a priori elképzelésével, úgy tűnik, a kisajátítás esélye legyőzte Goethe erkölcsi érzékét – hacsak a költő valóban nem csapta be magát. Az összehasonlító oszteológia már korán felkeltette Goethe figyelmét. 1786-ban Jénában publikálta Ueber den Zwischenkieferknochen des Menschen und der Thiere című esszéjét, amelyben kimutatta, hogy az állkapocscsont az embernél és a vadállatoknál is létezik. De ebben az esszében egyetlen szó sem utal arra, hogy akkoriban a koponya csigolyaanalógiáinak gondolatával rendelkezett volna. 1820-ban, a Morphologie című művében jelentette ki először nyilvánosan, hogy harminc évvel e kiadvány megjelenése előtt felfedezte a csigolyák és a fej csontjai közötti titkos összefüggést, és hogy mindig is ezen a témán elmélkedett. A körülmények, amelyek között a költő 1820-ban elmeséli, hogy az eredeti gondolat ihlette, gyanúsan hasonlítanak az Oken által 1807-ben leírtakhoz, amelyek ugyanezt a hatást váltották ki az elméjében. Mindkét esetben egy kifehéredett koponyát találnak véletlenül: Okennél egy szarvasé volt a harzi erdőben, Goethénél pedig egy birkáé, amelyet a velencei Lido partján szedtek fel.

Feltételezhetjük, hogy Oken, mint göttingeni privatdozens 1806-ban, semmit sem tudott Goethe e publikálatlan ötletéről vagy felfedezéséről, és hogy Goethe akkor szerzett először tudomást arról, hogy Oken a koponya gerinces viszonyairól gondolkodott, amikor meghallgatta azt a bevezető beszédet, amelyben a fiatal professzor, akit a költő Jenába hívott meg, éppen ezt az ötletet választotta témájául. Hihetetlen, hogy Oken, ha az ötletet Goethétől vette volna át, vagy ha tudott volna az ő előzményéről, elmulasztotta volna elismerni a forrást – nem ragadta volna meg inkább lelkesen az alkalmat, hogy méltóságteljesen hódoljon pártfogója eredetiségének és zsenialitásának.

1832-ben Oken-t a Svéd Királyi Tudományos Akadémia külföldi tagjává választották.