Todos os escritos de Oken são ilustrações dedutivas de um princípio assumido, que, com outros filósofos da escola transcendental, ele considerou igual à explicação de todos os mistérios da natureza. Segundo ele, a cabeça era uma repetição do tronco – uma espécie de segundo tronco, com seus membros e outros apêndices; esta soma de suas observações e comparações – poucas das quais ele já deu em detalhes – sempre deve ser levada em conta ao comparar a parte tomada por Oken na anatomia homológica com o progresso feito por outros cultivadores daquele ramo filosófico da ciência. A idéia da analogia entre o crânio, ou partes do crânio, e a coluna vertebral havia sido previamente proposta e ventilada em suas palestras por Johann von Autenrieth (1772-1835) e Carl Kielmeyer (1765-1844), e nos escritos de Johann Frank (1745-1821). Por Oken foi aplicado principalmente na ilustração do sistema místico de Schelling – o “all-in-all” e o “all-in-every-part”. Do mais antigo ao mais recente dos escritos de Oken sobre o assunto, “a cabeça é uma repetição de todo o tronco com todos os seus sistemas: o cérebro é a medula espinhal; o crânio é a coluna vertebral; a boca é o intestino e o abdômen; o nariz é os pulmões e o tórax; as mandíbulas são os membros; e os dentes as garras ou unhas”. Johann von Spix (1781-1826) em seu fólio Cefalogênese (1818), ricamente ilustrado craniologia comparativa, mas apresentou os fatos sob o mesmo disfarce transcendental; e Georges Cuvier (1769-1832) aproveitou-se das extravagâncias desses discípulos de Schelling para lançar o ridículo sobre todo o inquérito sobre essas relações superiores de partes ao arquétipo que Sir Richard Owen (1804-1892) chamou de “homologias gerais”.”

A teoria vertebral do crânio tinha praticamente desaparecido da ciência anatômica quando os trabalhos de Cuvier chegaram ao seu fim. No Arquétipo de Owen e nas Homologias do Esqueleto Vertebrado, a idéia não só foi reavivada, mas trabalhada pela primeira vez de forma indutiva, e a teoria corretamente afirmada, como se segue: “A cabeça não é um equivalente virtual do tronco, mas é apenas uma parte, ou seja, certos segmentos modificados, de todo o corpo. As mandíbulas são os ‘arcos hematológicos’ dos dois primeiros segmentos; não são membros da cabeça” (p. 176).

Vagamente e estranhamente, porém, como Oken tinha misturado a idéia com sua concepção a priori da natureza da cabeça, a chance de apropriar-se parece ter superado o senso moral de Goethe – a menos que o poeta se tenha enganado a si mesmo. A osteologia comparativa tinha desde cedo atraído a atenção de Goethe. Em 1786 ele publicou em Jena o seu ensaio Ueber den Zwischenkieferknochen des Menschen und der Thiere, mostrando que o osso intermaxilar existia tanto no homem como nos brutos. Mas nem uma palavra neste ensaio dá a mais remota pista de que ele possuía então a idéia das analogias vertebrais do crânio. Em 1820, em sua Morfologia, ele declarou publicamente pela primeira vez que trinta anos antes da data daquela publicação ele havia descoberto a relação secreta entre as vértebras e os ossos da cabeça, e que ele havia sempre continuado a meditar sobre esse assunto. As circunstâncias em que o poeta, em 1820, narra ter-se inspirado na ideia original são suspeitamente análogas às descritas por Oken em 1807, como produzindo o mesmo efeito na sua mente. Um crânio branqueado é descoberto acidentalmente em ambos os casos: no de Oken era o de um veado na floresta de Harz; no de Goethe era o de uma ovelha apanhada nas margens do Lido, em Veneza.

É possível supor que Oken, como Privatdozent em Göttingen em 1806, nada sabia desta ideia inédita ou descoberta de Goethe, e que Goethe tomou consciência de que Oken tinha a ideia das relações vertebrais do crânio quando ouviu o discurso introdutório em que o jovem professor, convidado pelo poeta a Jena, escolheu esta mesma ideia para o seu tema. É incrível que Oken, se tivesse adoptado a ideia de Goethe, ou se tivesse tido consciência de uma antecipação por parte dele, tivesse omitido o reconhecimento da fonte – não deveria antes ter abraçado avidamente uma oportunidade tão apropriada de fazer uma graciosa homenagem à originalidade e génio do seu patrono.

Em 1832, Oken foi eleito membro estrangeiro da Real Academia Sueca das Ciências.