Kaikki Okenin kirjoitukset ovat deduktiivisia havainnollistuksia oletetusta periaatteesta, jonka hän muiden transsendentaalisen koulukunnan filosofien kanssa katsoi pystyvän selittämään kaikki luonnon mysteerit. Hänen mukaansa pää oli rungon toisto – eräänlainen toinen runko raajoineen ja muine lisäkkeineen; tämä hänen havaintojensa ja vertailujensa summa – joita hän ei koskaan esittänyt yksityiskohtaisesti – on aina pidettävä mielessä, kun verrataan Okenin osuutta homologisessa anatomiassa muiden tämän filosofisen tieteenhaaran kehittäjien edistymiseen. Johann von Autenrieth (1772-1835) ja Carl Kielmeyer (1765-1844) sekä Johann Frank (1745-1821) olivat jo aiemmin esittäneet ja esittäneet luennoillaan ja kirjoituksissaan ajatuksen kallon tai kallon osien ja selkärangan välisestä analogiasta. Oken sovelsi sitä lähinnä Schellingin mystisen järjestelmän – ”kaikki kaikessa” ja ”kaikki kaikessa” – havainnollistamiseen. Okenin varhaisimmista viimeisimpiin tätä aihetta käsittelevistä kirjoituksista lähtien ”pää on koko rungon toisto kaikkine järjestelmineen: aivot ovat selkäydin, kallo on selkäranka, suu on suolisto ja vatsa, nenä on keuhkot ja rintakehä, leuat ovat raajat ja hampaat ovat kynnet tai kynnet”. Johann von Spix (1781-1826) kuvitti foliossaan Cephalogenesis (1818) runsaasti vertailevaa kraniologiaa, mutta esitti tosiseikat samassa transsendentaalisessa asussa; ja Georges Cuvier (1769-1832) käytti hyväkseen näiden Schellingin opetuslasten ylilyöntejä saadakseen naurunalaiseksi koko tutkimuksen, joka käsitteli niiden osien korkeampia suhteita arkkityyppiin, joita Sir Richard Owen (1804-1892) kutsui ”yleisiksi homologioiksi”.”

Kallon nikamateoria oli käytännöllisesti katsoen kadonnut anatomisesta tieteestä, kun Cuvierin työt lähestyivät loppuaan. Owenin teoksessa Archetype and Homologies of the Vertebrate Skeleton (Selkärankaisen luurangon arkkityyppi ja homologiat) ajatus ei ainoastaan herätetty henkiin, vaan se työstettiin ensimmäistä kertaa induktiivisesti ja teoria todettiin oikein seuraavasti: ”Pää ei ole rungon virtuaalinen vastine, vaan se on vain osa eli tietyt modifioidut segmentit koko kehosta. Leuat ovat kahden ensimmäisen segmentin ’haemal-kaaret’; ne eivät ole pään raajoja.” (s. 176)

Hämärästi ja oudosti kuitenkin, koska Oken oli sekoittanut ajatuksen a priori käsitykseensä pään luonteesta, näyttää siltä, että mahdollisuus omaksua se voitti Goethen moraalitajun – ellei runoilija tosiaankin pettänyt itseään. Vertaileva osteologia oli jo varhain kiinnittänyt Goethen huomion. Vuonna 1786 hän julkaisi Jenassa esseensä Ueber den Zwischenkieferknochen des Menschen und der Thiere, jossa hän osoitti, että välileukaluu oli olemassa sekä ihmisellä että eläimillä. Mutta yksikään sana tässä esseessä ei anna pienintäkään viitteitä siitä, että hänellä olisi tuolloin ollut käsitys kallon selkärangan analogioista. Vuonna 1820 ilmestyneessä Morphologie-teoksessaan hän totesi ensimmäisen kerran julkisesti, että hän oli kolmekymmentä vuotta ennen kyseistä julkaisua havainnut nikamien ja pään luiden välisen salaisen suhteen ja että hän oli aina jatkanut tämän aiheen pohtimista. Olosuhteet, joissa runoilija kertoi vuonna 1820 innostuneensa alkuperäisestä ajatuksesta, ovat epäilyttävän samankaltaiset kuin ne, joita Oken kuvaili vuonna 1807 ja jotka aiheuttivat saman vaikutuksen hänen mieleensä. Molemmissa tapauksissa löydetään sattumalta valkaistu kallo: Okenin tapauksessa se oli Harzin metsästä löytynyt peuran kallo, Goethen tapauksessa Venetsian Lidon rannalta poimitun lampaan kallo.

Voidaan olettaa, että Oken ei Göttingenin yksityisdozenttina vuonna 1806 tiennyt mitään tästä Goethen julkaisemattomasta ideasta tai löydöstä ja että Goethe sai tietää Okenin ajatuksesta kallon selkärangan suhteista ensimmäisen kerran kuunnellessaan esittelypuheenvuoroa, jossa nuori professori, jonka runoilija oli kutsunut Jenaan, valitsi aiheekseen juuri tämän ajatuksen. On uskomatonta, että Oken, jos hän olisi omaksunut idean Goethelta tai ollut tietoinen tämän ennakoinnista, olisi jättänyt mainitsematta lähdettä – eikä olisi pikemminkin tarttunut innokkaasti näin sopivaan tilaisuuteen tehdä hieno kunnianosoitus suojelijansa omaperäisyydelle ja nerokkuudelle.

Oken valittiin vuonna 1832 Ruotsin kuninkaallisen tiedeakatemian ulkomaalaiseksi jäseneksi.