Lactobacillus spp. on pidetty opportunistisena patogeenina immuunipuutteisilla potilailla, ja sillä on taipumus aiheuttaa invasiivisia infektioita, kuten bakteeremiaa, abskessia ja endokardiittia. Muita raportoituja riskitekijöitä ovat suonensisäiset katetrit, aiempi sairaalahoito tai leikkaus ja laajakirjoisten antibioottien käyttö . Salmisen ym. tutkimuksessa kokonaiskuolleisuuden todettiin olevan 26 % kuukauden kuluttua ja 48 % vuoden kuluttua . Naqvi ym. raportoivat kuolemaan johtaneesta L. rhamnosus -endokardiitista, joka koski nuorta potilasta, jolla oli aiemmin ollut komplisoitunut kirroosi ja aiempi C. difficile -koliitti . Myös potilailla, joilla suolen limakalvon esteen eheys on heikentynyt, on kohonnut riski; näin ollen haavaista paksusuolentulehdusta sairastavilla potilailla on raportoitu useita Lactobacillus-bakteremiatapauksia . Suoliston translokaatio ja organismien systeeminen leviäminen voivat olla invasiivisten infektioiden taustalla oleva patogeneesi immuunipuutteisilla potilailla . L. rhamnosus -kantojen on todettu aiheuttavan verihiutaleiden aggregaatioita, niillä on modifioitu eksopolysakkaridiklusteri ja ne muodostavat vahvoja biofilmejä .

Lactobacillus-bakteremiaa on raportoitu potilailla, joilla on akuutti myelooinen leukemia, suurirakeinen lymfosyyttinen leukemia ja elinsiirron saaneilla . Kroonisen lymfaattisen leukemian yhteydessä on raportoitu toistuvaa Lactobacillus spp. bakteremiaa. Veriviljelyistä eristetyt Lactobacillukset olivat herkkiä penisilliinille ja gentamysiinille, ja potilasta hoidettiin tällä hoidolla. Kirjoittajat päättelivät, että huolimatta ajoittaisista kuumeettomista jaksoista ja negatiivisista veriviljelyistä hoidon jälkeen, taustalla olevan lähteen onnistunut hävittäminen on epävarmaa, kun otetaan huomioon hänen toistuvat bakteremiansa. Siksi potilas asetettiin lopulta elinikäiseen suun kautta otettavaan amoksisilliini-klavulanaattihoitoon profylaksiaksi.

Potilaamme sai munuaisensiirron vuonna 2013, ja hän oli ylläpitävässä immunosuppressio-ohjelmassa, jossa käytettiin takrolimuusia, mykofenolaattimofetiilia ja prednisonia. Potilaskorttimme tarkastelu paljasti, että hän oli käyttänyt Lactobacillus acidophilusta ja Lactobacillus bulgarista sisältäviä probioottivalmisteita viiden kuukauden ajan ennen siirtoaan teho-osastolle. Probioottipillereitä ei lähetetty testattavaksi, koska niitä ei ollut saatavilla; kolonisaatio probioottien käytöstä pitkään kulutuksen lopettamisen jälkeen on kuitenkin erittäin kyseenalaista. Lisäksi nämä kannat ovat erilaisia kuin veriviljelyssä havaitut kannat. Tietojemme mukaan kirjallisuudessa on vain kaksi muuta tapausselostusta, joissa kerrotaan Lactobacilli spp:n aiheuttamasta primaarisesta verenkiertoinfektiosta munuaisensiirron saaneella . Vanichanan ja muut raportoivat 60-vuotiaasta munuaisensiirron saaneesta potilaasta, jolle kehittyi vatsaontelon sisäinen paise, jossa kasvoi karbapeneemille vastustuskykyinen Lactobacillus casei (L. casei), jonka seuranta sujui ongelmitta neljän vuoden ajan. Hän oli käyttänyt reseptivapaata probioottia kuuden kuukauden ajan, kunnes kaksi kuukautta ennen esittelyä hänelle kehittyi vatsavaivoja, jotka johtuivat suurentuneista natiivimunuaisista. Hänelle tehtiin molemminpuolinen natiivinefrektomia ja hänet kotiutettiin. Viikkoa myöhemmin hän palasi sairaalaan septisen sokin ja hengitysvajauksen vuoksi. Perihepaattisen nesteen viljelyssä kasvoi L. casei. Lisäksi potilaan nauttimassa probioottilisässä kasvoi samankaltainen organismi, mikä herättää huolen probioottien aiheuttamasta infektiosta heikentyneen immuunijärjestelmän omaavilla henkilöillä.

Invasiivisten, vakavien tai toistuvien laktobasilli-infektioiden hoito voi olla haastavaa. Monet Lactobacillus-kannat, L. rhamnosus mukaan lukien, ovat luontaisesti resistenttejä vankomysiinille. Resistenssiä siprofloksasiinille, tetrasykliinille, meropeneemille, metronidatsolille ja sulfonamideille on raportoitu, ja joillakin isolaateilla on keskivaikea resistenssi linezolidille .

Viime vuosina probioottien käyttö on lisääntynyt maailmanlaajuisesti imeväisten ja aikuisten ripulin, C. difficile-ripulin, ärtyvän suolen oireyhtymän, allergian (voidaan käsitellä tarkemmin tässä), urogenitaalisten infektioiden, tulehduksellisten suolistosairauksien ja kandidaalisen vaginiitin ehkäisyyn. Bafeta ym. keräsivät tietoja useista julkaistuista tutkimuksista tutkiakseen, miten haittoihin liittyvät tiedot raportoidaan probiootteja, prebiootteja ja synbiootteja koskevien satunnaistettujen kontrolloitujen tutkimusten (RCT, n=384) julkaisuissa. He totesivat, että haittojen ilmoittaminen probiootteja, prebiootteja ja synbiootteja arvioivien RCT-tutkimusten julkaistuissa raporteissa puuttuu usein tai on riittämätöntä, eikä näitä interventioita voida yleisesti pitää turvallisina ilman turvallisuustietojen ilmoittamista. Suomessa tehdyssä epidemiologisessa Lactobacillus-bakteremiaa koskevassa tutkimuksessa tutkijat eivät havainneet korrelaatiota L. rhamnosus GG:n (ATCC 53103) lisääntyneen probioottien käytön ja Lactobacillus-bakteremian esiintyvyyden välillä vuosina 1990-2000 . FDA ehdotti, että immunosuppressio, rakenteellinen sydänsairaus, sairaalahoito, raskaus ja probiootin mahdollinen siirtyminen suolen seinämän läpi ovat mahdollisia haittavaikutusten riskejä probioottien kliinisissä tutkimuksissa.