De sproglige forbindelser mellem Madagaskar, Polynesien og Sydøstasien blev tidligt i kolonitiden anerkendt af europæiske forfattere, især de bemærkelsesværdige ligheder mellem malagassiske, malaysiske og polynesiske taltegn. De første formelle publikationer om disse relationer blev i 1708 udgivet af den hollandske orientalist Adriaan Reland, som anerkendte et “fælles sprog” fra Madagaskar til det vestlige Polynesien; selv om den hollandske opdagelsesrejsende Cornelis de Houtman også indså de sproglige forbindelser mellem Madagaskar og det malaysiske øhav før Reland i 1603.

Kranier, der repræsenterer Johann Friedrich Blumenbachs “fem racer” i De Generis Humani Varietate Nativa (1795). Det tahitianske kranie med betegnelsen “O-taheitae” repræsenterede det, han kaldte “den malaysiske race”

Den spanske filolog Lorenzo Hervás y Panduro helligede senere en stor del af sin Idea dell’ Universo (1778-1787) til at etablere en sprogfamilie, der forbandt den malaysiske halvø, Maldiverne, Madagaskar, Sundaøerne, Molukkerne, Filippinerne og Stillehavsøerne østpå til Påskeøen. Flere andre forfattere bekræftede denne klassifikation (bortset fra den fejlagtige medtagelse af maldivisk), og sprogfamilien blev kendt som “malayo-polynesisk”, som den tyske sprogforsker Franz Bopp først opfandt i 1841 (tysk: malayisch-polynesisch). Forbindelserne mellem Sydøstasien og Stillehavsøerne blev også bemærket af andre europæiske opdagelsesrejsende, bl.a. af orientalisten William Marsden og naturforskeren Johann Reinhold Forster.

I sin doktorafhandling fra 1775 med titlen De Generis Humani Varietate Nativa (oversat: Om menneskehedens naturlige varieteter) skitserede Johann Friedrich Blumenbach Johann Friedrich Blumenbach de vigtigste menneskeracer efter hudfarve, geografi og kraniemål; nemlig “kaukasiere” (hvide), “etiopiere” (sorte), “amerikanere” (røde) og “mongoler” (gule). Blumenbach tilføjede austronesere som den femte kategori til sine “varieteter” af mennesker i anden udgave af De Generis (1781). Han grupperede dem i første omgang efter geografi og kaldte således austronesere for “mennesker fra den sydlige verden”. I den tredje udgave, der blev udgivet i 1795, kaldte han austroneserne for “den malaysiske race” eller “den brune race” efter undersøgelser foretaget af Joseph Banks, der var en del af James Cooks første rejse. Blumenbach brugte udtrykket “malayisk” på grund af sin overbevisning om, at de fleste austronesere talte “malayisk idiom” (dvs. de austronesiske sprog), selv om han utilsigtet forårsagede den senere forveksling af hans racekategori med Melayu-folket. De andre sorter, som Blumenbach identificerede, var “kaukasiere” (hvide), “mongoler” (gule), “etiopiere” (sorte) og “amerikanere” (røde). Blumenbachs definition af den malayiske race er stort set identisk med den moderne fordeling af de austronesiske folkeslag, der ikke kun omfatter øboende sydøstasiater, men også befolkningen på Madagaskar og på Stillehavsøerne. Selv om Blumenbachs arbejde senere blev brugt i videnskabelig racisme, var Blumenbach monogenist og mente ikke, at de menneskelige “sorter” i sagens natur var ringere end hinanden. Han troede dog på den “degenerative hypotese” og mente, at den malayiske race var en overgangsform mellem kaukasiere og etiopiere.

Malayisk sort. Brunfarvet; håret er sort, blødt, krøllet, tykt og rigeligt; hovedet er moderat indsnævret; panden er let hævet; næsen er fyldig, ret bred, så at sige diffus, enden tyk; munden er stor, overkæben er noget fremtrædende med dele af ansigtet, når de ses i profil, tilstrækkeligt fremtrædende og adskilt fra hinanden. Denne sidste variant omfatter øboerne i Stillehavet samt indbyggerne på Mariannerne, Filippinerne, Molukkerne og Sundaøerne samt på den malaysiske halvø.Jeg ønsker at kalde den malayisk, fordi størstedelen af mændene af denne sort, især dem, der bebor de indiske øer tæt på Malacca-halvøen, samt Sandwich-, Society- og Friendly Islanders, og også Malambierne på Madagaskar ned til indbyggerne på Påskeøen, bruger det malayiske idiom.

– Johann Friedrich Blumenbach, The anthropological treatises of Johann Friedrich Blumenbach, oversat af Thomas Bendyshe, 1865.

I det 19. århundrede var den videnskabelige racisme imidlertid til fordel for en klassificering af austronesere som værende en delmængde af den “mongolske” race, samt polygenisme. De australo-melanesiske befolkninger i Sydøstasien og Melanesien (som Blumenbach oprindeligt klassificerede som en “underrace” af den “malaysiske” race) blev nu også behandlet som en særskilt “etiopisk” race af forfattere som Georges Cuvier, Conrad Malte-Brun, Julien-Joseph Virey og René Lesson.

Den britiske naturforsker James Cowles Prichard fulgte oprindeligt Blumenbach ved at behandle papuanere og indfødte australiere som værende efterkommere af den samme stamme som austronesere. Men ved hans tredje udgave af Researches into the Physical History of Man (1836-1847) var hans arbejde blevet mere racistisk på grund af polygenismens indflydelse. Han inddelte folkene i Austronesien i to grupper: “Malayo-Polyneserne” (der nogenlunde svarer til de austronesiske folk) og “Kelænoneserne” (der nogenlunde svarer til Australo-Melanæerne). Sidstnævnte underinddelte han yderligere i “Alfourous” (også “Haraforas” eller “Alfoërs”, de indfødte australiere) og “Pelagian eller Oceanic Negroes” (melaneserne og vestpolynesierne). På trods af dette anerkender han, at “Malayo-polynesiere” og “pelagiske negere” havde “bemærkelsesværdige karakterer til fælles”, især med hensyn til sprog og kraniometri.

I 1899 opfandt den østrigske sprogforsker og etnolog Wilhelm Schmidt udtrykket “austronesisk” (tysk: austronesisch, af latin auster, “sydvind”; og græsk νῆσος, “ø”) for at betegne sprogfamilien. Udtrykket “austronesisk”, eller mere præcist “austronesisk-talende folkeslag”, kom til at referere til de mennesker, der taler sprog fra den austronesiske sprogfamilie.