Po odchodu z NBA nastoupil Thomas na pozici front office jako spoluvlastník a výkonný viceprezident rozšiřujícího se týmu Toronto Raptors. Působil jako hlavní trenér Indiana Pacers, prezident, generální manažer a hlavní trenér New York Knicks a byl majitelem Kontinentální basketbalové asociace. Působil také jako hlavní trenér mužského basketbalu na Florida International University.

Jako inovátor a podnikatel založil Thomas v roce 1999 společnost Enlighten Sports Inc. poskytující komplexní služby v oblasti vývoje webových stránek se specializací na sportovní marketing. V době svého působení v Kontinentální basketbalové asociaci Thomas zahájil spolupráci se společností Enlighten Sports a Coloradskou univerzitou a CBA. Nové webové stránky umožňovaly fanouškům sledovat živé webové přenosy zápasů, používat živé tabulky střelby, chatovat s hráči a další. Thomas uvedl, že internet byl „nedílnou součástí strategie poskytování poutavého a zábavného obsahu pro fanoušky“. V době, kdy Thomas působil v Kontinentální basketbalové asociaci, také zahájil spolupráci s portálem SEASONTICKET.com, který přinášel fanouškům po celé zemi personalizované videozáběry a výsledky a byl také portálem pro hlasování v All-Star lize. Thomas si díky své prozíravosti uvědomil, že streamované video bude budoucností zpravodajství a zábavy.

Thomas začal svou podnikatelskou kariéru v polovině svého působení v NBA. Ve volném čase si četl o podnikání a souvisejících tématech, setkával se s kontakty a nakonec investoval do řady podniků, včetně velkého řetězce tiskařských franšíz American Speedy Printing. Jak vysvětlil jeho obchodní mentor a partner Rick Inatome: „Je definitivní studií ‚představte si to a ono se to stane'“ – motto, které Thomas nadále vnáší do všech svých podnikatelských záměrů.

Jako předseda představenstva a generální ředitel společnosti Isiah International Thomas úspěšně uplatňuje tohoto ducha ve světě podnikání, když vybudoval společnosti, které se specializují na odstraňování odpadu &recyklaci, bydlení pro více rodin a sportovní průmysl. Thomas je také jediným vlastníkem čtyř společností: Isiah International Holdings, investiční holdingové společnosti GRE3N, Isiah International Real Estate, společnosti zabývající se výstavbou vícebytových domů, a Isiah Capital, soukromé kapitálové investiční společnosti. Thomas je také spoluvlastníkem sesterské společnosti RE3 Recycling, která se zabývá odvozem odpadu, společně se svou dcerou Lauren. V poslední době se Thomas také podílí na developerské transakci v hodnotě 300 milionů dolarů, jejímž předmětem je výstavba multifunkčního komplexu na 9,5 akrech pozemků v Illinois Medical District Commission. Isiah je také členem pracovní skupiny pro diverzitu, rovnost a inkluzi Cannabis Trade Federation. Pracovní skupina DEI se skládá z různorodé a zkušené sbírky významných národních menšinových podnikatelů a lídrů konopného průmyslu.