Alla Okens skrifter är deduktiva illustrationer av en antagen princip, som han tillsammans med andra filosofer från den transcendentala skolan ansåg vara likvärdig med förklaringen av alla naturens mysterier. Enligt honom var huvudet en upprepning av bålen – ett slags andra bål, med dess lemmar och andra bihang; denna summa av hans observationer och jämförelser – få av dem gav han någonsin i detalj – måste man alltid ha i åtanke när man jämför den andel som Oken tog i den homologiska anatomin med de framsteg som andra kultiverare av denna filosofiska gren av vetenskapen har gjort. Idén om analogin mellan skallen, eller delar av skallen, och kotpelaren hade tidigare framförts och ventilerats i deras föreläsningar av Johann von Autenrieth (1772-1835) och Carl Kielmeyer (1765-1844) samt i Johann Franks (1745-1821) skrifter. Av Oken tillämpades det huvudsakligen för att illustrera Schellings mystiska system – ”allt-i-allt” och ”allt-i-allt”. Från den tidigaste till den senaste av Okens skrifter i ämnet är ”huvudet en upprepning av hela bålen med alla dess system: hjärnan är ryggmärgen, kraniet är kotpelaren, munnen är tarmen och buken, näsan är lungorna och bröstkorgen, käkarna är lemmarna och tänderna är klorna eller spikarna”. Johann von Spix (1781-1826) illustrerade i sin folio Cephalogenesis (1818) rikt den komparativa kraniologin, men presenterade fakta under samma transcendentala skepnad, och Georges Cuvier (1769-1832) utnyttjade extravaganserna hos dessa Schellings lärjungar för att förlöjliga hela undersökningen av dessa högre relationer mellan delarna och arketypen, som Sir Richard Owen (1804-1892) kallade ”allmänna homologier”.”

Kotpelteorin om kraniet hade praktiskt taget försvunnit från den anatomiska vetenskapen när Cuviers arbete närmade sig sitt slut. I Owens Archetype and Homologies of the Vertebrate Skeleton återupplivades idén inte bara utan utarbetades för första gången induktivt, och teorin angavs med rätta på följande sätt: ”Huvudet är inte en virtuell motsvarighet till bålen, utan är bara en del, dvs. vissa modifierade segment, av hela kroppen. Käkarna är ’hemalbågar’ av de två första segmenten; de är inte huvudets lemmar.” (s. 176)

Vagt och märkligt nog, eftersom Oken hade blandat idén med sin a priori uppfattning om huvudets natur, tycks emellertid chansen att tillägna sig den ha övervunnit Goethes moraliska förnuft – såvida inte diktaren verkligen lurade sig själv. Den komparativa osteologin hade tidigt väckt Goethes uppmärksamhet. År 1786 publicerade han i Jena sin uppsats Ueber den Zwischenkieferknochen des Menschen und der Thiere, i vilken han visade att mellankäksbenet fanns hos människan såväl som hos bruten. Men inte ett ord i denna uppsats ger minsta antydan om att han då hade haft en idé om kraniets kotanalogier. År 1820, i sin Morphologie, förklarade han för första gången offentligt att han trettio år före datumet för denna publikation hade upptäckt det hemliga förhållandet mellan kotorna och huvudets ben, och att han alltid hade fortsatt att meditera över detta ämne. De omständigheter under vilka poeten 1820 berättar att han blev inspirerad av den ursprungliga idén är misstänkt analoga med de omständigheter som Oken beskrev 1807 och som hade samma effekt på hans sinne. En blekt skalle upptäcks av en slump i båda fallen: i Okens fall var det en hjort i Harzskogen, i Goethes fall var det ett får som plockats upp vid stranden av Lido i Venedig.

Det kan antas att Oken, som Privatdozent i Göttingen 1806, inte visste något om denna Goethes opublicerade idé eller upptäckt, och att Goethe först blev medveten om att Oken hade idén om skallens kotrelationer när han lyssnade till den inledande föreläsning där den unge professorn, som poeten hade bjudit in till Jena, valde just denna idé till sitt ämne. Det är otroligt att Oken, om han hade övertagit idén från Goethe, eller varit medveten om ett föregripande från honom, skulle ha underlåtit att erkänna källan – inte snarare skulle han ivrigt ha tagit emot ett så passande tillfälle att göra en graciös hyllning till sin beskyddares originalitet och genialitet.

År 1832 valdes Oken till utländsk medlem av Kungliga Vetenskapsakademien.