Po przejściu na emeryturę z NBA, Thomas zajął stanowisko w biurze jako właściciel i wiceprezes wykonawczy zespołu ekspansji Toronto Raptors. Służył jako główny trener Indiana Pacers, prezes, dyrektor generalny i główny trener New York Knicks i był właścicielem Continental Basketball Association. Służył również jako główny trener koszykówki mężczyzn na Florida International University.

Innowator i przedsiębiorca, Thomas założył Enlighten Sports Inc, w pełni usługową grupę rozwoju sieci, specjalizującą się w marketingu sportowym w 1999 roku. Kiedy w Continental Basketball Association, Thomas uruchomił partnerstwa z Enlighten Sports i University of Colorado i CBA. Nowe strony internetowe pozwalały fanom oglądać transmisje meczów na żywo, korzystać z wykresów strzałów na żywo, czatować z graczami i nie tylko. Thomas powiedział, że internet był „integralną częścią strategii, aby zapewnić wciągającą i rozrywkową zawartość dla fanów”. Ponadto, kiedy Thomas pracował w Continental Basketball Association, nawiązał współpracę z SEASONTICKET.com, aby dostarczyć fanom w całym kraju spersonalizowane wideo z wynikami, a także być portalem do głosowania na All-Star League. Dzięki dalekowzroczności Thomasa, zdał sobie sprawę, że streaming video będzie przyszłością wiadomości i rozrywki.

Thomas rozpoczął swoją karierę biznesową w połowie swojej kadencji w NBA. W wolnym czasie, czytał się na temat biznesu i zagadnień pokrewnych, spotkał się z kontaktów i ostatecznie zainwestował w szereg przedsięwzięć, w tym dużej sieci franczyzy drukowania, American Speedy Printing. Jak wyjaśnił jego mentor i partner w biznesie, Rick Inatome, „On jest definitywnym studium 'wyobraź sobie to i to się stanie'” – motto, które Thomas nadal wnosi do wszystkich swoich przedsięwzięć biznesowych.

Jako prezes i dyrektor generalny Isiah International, Thomas z powodzeniem stosuje tego ducha w świecie biznesu, zbudował firmy, które specjalizują się w usuwaniu odpadów, recyklingu, budownictwie wielorodzinnym i przemyśle sportowym. Thomas jest również jedynym właścicielem czterech firm: Isiah International Holdings, spółki holdingów inwestycyjnych, GRE3N, Isiah International Real Estate, firmy deweloperskiej zajmującej się budownictwem wielorodzinnym, oraz Isiah Capital, firmy inwestycyjnej typu private equity. Thomas jest również współwłaścicielem, wraz z córką Lauren, siostrzanej firmy zajmującej się usuwaniem odpadów, RE3 Recycling. Ostatnio Thomas jest również zaangażowany w wartą 300 milionów dolarów umowę deweloperską dotyczącą kompleksu mieszanego na 9,5 akrach ziemi przy Illinois Medical District Commission. Isiah jest również członkiem Cannabis Trade Federation Diversity, Equity, and Inclusion Task Force. Grupa zadaniowa DEI składa się z różnorodnej i doświadczonej kolekcji wybitnych krajowych liderów biznesu mniejszościowego i przemysłu konopi.