A San Franciscó-i székhelyű, latin-rock zenekar, a Malo tagja volt, akik 1972-ben a Suavecito című dallal az amerikai Billboard Hot 100-as slágerlistán a húszas toplistán szerepeltek. Két szólóalbumot adott ki a Tomato Recordsnál, a Jorge Santana és az It’s All About Love címűeket, melyeken a Malo korábbi tagjai is közreműködtek. Az 1970-es évek közepén a Fania All-Stars együttesben játszott. A Malo zenekar, ami spanyolul azt jelenti, hogy “rossz”, a jazz, a rock és a latin zene különböző formáinak laza fúzióját játszotta, hasonlóan testvére, Carlos Santana hangzásához. A zenekar debütáló albuma, a “Malo” 1972-ben jelent meg, és a “Suavecito” című dalt tartalmazta. A lágy, dallamos hangzású dal a Billboard kislemezlistáján a 18. helyig jutott, és a latin rock rajongók körében népszerűvé vált. A Malo négy évig játszott együtt és négy albumot készített, mígnem feloszlottak, Santana pedig szólókarrierbe kezdett, és a New York-i Fania All-Stars zenekarral játszott.

A jellegzetes gitárja egy zöld Fender Stratocaster volt, amelyet az 1970-es években szerzett.

A hosszú szakítás után Santana a testvérével, Carlosszal turnézott. A Sacred Fire című albumukkal: Live in South America című albumot ezen a turnén rögzítették Mexikóvárosban, Jorge Santana közreműködésével, aki egy személyre szabott narancssárga Paul Reed Smith gitáron játszott.

1994-ben felvett egy albumot a bátyjával és Carlos Santana unokaöccsével, Carlos Hernandezzel, Santana Brothers címmel.