A négy fő antigénfeldolgozási és prezentációs útvonal az exogén, az endogén, a keresztprezentáció és az autofágikus. A professzionális APC-k elnyelik az antigéneket, és MHC II. osztályú és kosztimulátor molekulákat expresszálnak indukáltan vagy konstitutívan. Az érett DC-k képesek naiv, effektor és memória Tc és Th sejteket aktiválni, míg a makrofágok és B sejtek csak az effektor és memória T sejteknek mutatják be az antigént. A DC érését a DAMP-ok/PAMP-ok és a pro-inflammatorikus citokinek által kiváltott PRR-befogadás váltja ki. Az exogén útvonalban az extracelluláris antigéneket az APC-k internalizálják és endoszómákban peptidekre bontják. Ezek a peptidek MHC II. osztályhoz kötődnek, és az APC felszínére szállítódnak, ahol a CD4++ T-sejtek (általában Th-sejtek) felismerik őket. Az endogén útvonalban a fertőzött vagy transzformált gazdasejtekből származó intracelluláris antigéneket proteaszómák bontják le peptidekre. Ezek a peptidek az ER-ben az MHC I. osztályhoz kötődnek, és a célsejtek felszínére szállítják őket a CD8++ T-sejtek (általában CTL) általi felismerésre. A keresztprezentáció az extracelluláris antigének peptidjeinek megjelenése az MHC I. osztályon. Az autofágikus prezentáció az intracelluláris antigénekből származó peptidek MHC II. osztályon történő megjelenése. A nem klasszikus MHC Ib osztályú molekulák peptideket mutatnak be az αβ és γδ T-sejtek alcsoportjainak. Az MHC-szerű CD1 fehérjék lipid alapú antigéneket mutatnak be az αβ T, γδ T és NKT sejtek alcsoportjainak.