Tras su retirada de la NBA, Thomas ocupó un puesto en el front office como copropietario y Vicepresidente Ejecutivo del equipo de expansión Toronto Raptors. Fue entrenador jefe de los Indiana Pacers, presidente, director general y entrenador jefe de los New York Knicks y fue propietario de la Continental Basketball Association. También fue entrenador jefe de baloncesto masculino en la Universidad Internacional de Florida.

Innovador y emprendedor, Thomas fundó en 1999 Enlighten Sports Inc. un grupo de desarrollo web de servicio completo especializado en marketing deportivo. Cuando estaba en la Asociación Continental de Baloncesto, Thomas puso en marcha asociaciones con Enlighten Sports y la Universidad de Colorado y la CBA. Los nuevos sitios web permitían a los aficionados ver transmisiones en directo de los partidos, utilizar gráficos de tiros en directo, chatear con los jugadores y mucho más. Thomas dijo que Internet era «una parte integral de la estrategia para ofrecer contenidos atractivos y entretenidos a los aficionados». Además, mientras Thomas estaba en la Asociación Continental de Baloncesto, puso en marcha una asociación con SEASONTICKET.com para ofrecer a los aficionados de todo el país vídeos personalizados de lo más destacado y los resultados, además de ser un portal para las votaciones de la Liga de las Estrellas. Con su visión de futuro, Thomas se dio cuenta de que la transmisión de vídeo sería el futuro de las noticias y el entretenimiento.

Thomas comenzó su carrera empresarial a mitad de su carrera en la NBA. En su tiempo libre, leía sobre negocios y temas relacionados, se reunía con contactos y acabó invirtiendo en una serie de empresas, incluida una gran cadena de franquicias de impresión, American Speedy Printing. Como explicó su mentor empresarial y socio Rick Inatome, «es el estudio definitivo de ‘imagínalo y se convierte'», un lema que Thomas sigue llevando a todas sus empresas.

Como presidente y director general de Isiah International, Thomas aplica con éxito ese espíritu al mundo de los negocios, habiendo creado empresas especializadas en el reciclaje de & residuos, viviendas multifamiliares y las industrias deportivas. Thomas es también el único propietario de cuatro empresas: Isiah International Holdings, una sociedad de inversión, GRE3N, Isiah International Real Estate, una empresa de desarrollo de viviendas múltiples, e Isiah Capital, una empresa de inversión de capital privado. Thomas también es copropietario de la empresa hermana de la empresa de eliminación de residuos, RE3 Recycling, con su hija, Lauren. Más recientemente, Thomas también está involucrado en un acuerdo de desarrollo de 300 millones de dólares para un complejo de uso mixto en 9,5 acres de tierra en la Comisión del Distrito Médico de Illinois. Isiah también forma parte del Grupo de Trabajo sobre Diversidad, Equidad e Inclusión de la Federación del Comercio del Cannabis. El Grupo de Trabajo DEI está compuesto por una colección diversa y experimentada de prominentes negocios minoritarios nacionales y líderes de la industria del cannabis.