Salmonelóza je hlavní příčinou bakteriálních střevních onemocnění u lidí i zvířat. Odhaduje se, že každý rok se ve Spojených státech objeví 1,4 milionu případů salmonelózy u lidí (15). Přibližně v 35 000 z těchto případů jsou izoláty salmonel sérotypizovány laboratořemi veřejného zdraví a výsledky jsou elektronicky předávány do Centra pro kontrolu a prevenci nemocí (CDC). Tyto informace využívají místní a státní zdravotnická oddělení a CDC ke sledování místních, regionálních a celostátních trendů v salmonelóze lidí a k identifikaci možných ohnisek salmonelózy (1, 5). Za posledních 25 let poskytl Národní systém sledování salmonel cenné informace o výskytu salmonelózy u lidí ve Spojených státech a o trendech výskytu konkrétních sérotypů. Nedávno zavedený algoritmus detekce ohnisek salmonelové nákazy, další cenný nástroj pro rozpoznání ohnisek nákazy (11), umožňuje uživatelům odhalit nárůst počtu lidských infekcí způsobených specifickými sérotypy salmonel. Činnosti dozoru nad salmonelami závisí na přesnosti identifikace sérotypů a jsou usnadněny standardizovanou nomenklaturou. Národní referenční laboratoř pro salmonely při CDC pomáhá laboratořím veřejného zdravotnictví ve Spojených státech při identifikaci sérotypů tím, že poskytuje příručky postupů, školící semináře, aktualizace a pomoc při identifikaci problémových izolátů.

V současné době existuje 2 463 sérotypů (sérovarů) salmonel (18). Antigenní vzorce sérotypů salmonel definuje a udržuje Spolupracující centrum Světové zdravotnické organizace (WHO) pro reference a výzkum salmonel v Pasteurově institutu v Paříži ve Francii (Spolupracující centrum WHO) a nové sérotypy jsou uvedeny v každoročních aktualizacích Kauffmann-Whiteova schématu (18, 19).

Nomenklatura salmonel je složitá a vědci používají různé systémy pro označování tohoto rodu a komunikaci o něm. Jednotnost v názvosloví salmonel je však nezbytná pro komunikaci mezi vědci, zdravotníky a veřejností. Bohužel současné používání často kombinuje několik nomenklaturních systémů, které nejednotně dělí rod na druhy, poddruhy, podrody, skupiny, podskupiny a sérotypy (sérovary), a to způsobuje zmatek. CDC dostává mnoho dotazů týkajících se vhodné nomenklatury salmonel pro hlášení výsledků a pro použití ve vědeckých publikacích.

Nomenklatura rodu Salmonella se vyvinula z původní koncepce jeden sérotyp – jeden druh, kterou navrhl Kauffmann (12) na základě sérologické identifikace O (somatických) a H (bičíkatých) antigenů. Každý sérotyp byl považován za samostatný druh (například S. paratyphi A, S. newport a S. enteritidis); pokud by se tento koncept použil dnes, vzniklo by 2463 druhů salmonel. Další taxonomické návrhy byly založeny na klinické roli kmene, na biochemických charakteristikách, které rozdělují sérotypy do podrodů, a nakonec na genomické příbuznosti. Návrhy na změny v nomenklatuře rodu byly shrnuty již dříve (8, 9, 14).

K rozhodujícímu vývoji v taxonomii salmonel došlo v roce 1973, kdy Crosa a kol (6) pomocí hybridizace DNA-DNA prokázali, že všechny sérotypy a podrod I, II a IV salmonel a všechny sérotypy „Arizona“ jsou příbuzné na druhové úrovni; patří tedy do jednoho druhu. Jedinou výjimkou, která byla následně popsána, je S. bongori, dříve známá jako poddruh V, která je na základě DNA-DNA hybridizace samostatným druhem (21). Vzhledem k tomu, že S. choleraesuis se objevila na Schváleném seznamu bakteriálních názvů (23) jako typový druh salmonely, měla přednost jako druhové jméno. Název „choleraesuis“ však označuje jak druh, tak sérotyp, což způsobuje zmatek. Kromě toho sérotyp Choleraesuis není reprezentativní pro většinu sérotypů, protože je biochemicky odlišný, protože je arabinóza a trehalóza negativní (4, 13).

V roce 1986 podvýbor pro enterobakterie Mezinárodního výboru pro systematickou bakteriologii na XIV. mezinárodním mikrobiologickém kongresu jednomyslně doporučil, aby byl typový druh pro salmonely změněn na S. enterica (17), což je název vytvořený Kauffmannem a Edwardsem v roce 1952 (13), protože žádný sérotyp tento název nesdílí. V roce 1987 Le Minor a Popoff ze spolupracujícího centra WHO formálně předložili návrh jako „žádost o stanovisko“ soudní komisi Mezinárodního výboru pro systematickou bakteriologii (14). Doporučení bylo přijato CDC, Ewingem v roce 1986 ve 4. vydání Edward’s and Ewing’s Identification of Enterobactericeae (8) a dalšími laboratořemi (16).

Soudní komise nicméně žádost zamítla. Ačkoli se soudní komise obecně vyslovila pro S. enterica jako typový druh salmonely, její členové se domnívali, že status sérotypu Salmonella typhi, původce břišního tyfu, nebyl v této žádosti o stanovisko dostatečně řešen. Obávali se, že pokud by byla S. enterica přijata jako typový druh, byl by sérotyp Salmonella typhi označován jako S. enterica subsp. enterica sérotyp Typhi a mohl by být lékaři přehlížen nebo opomíjen stejně jako sérotyp S. choleraesuis subsp. choleraesuis sérotyp Typhi. Z tohoto pohledu by se změnou typového názvu druhu nic nezískalo. Soudní komise proto rozhodla, že S. choleraesuis bude ponechán jako legitimní typový druh, dokud nebude podána pozměněná žádost o stanovisko (24). V souladu s tímto rozhodnutím podal Euzéby (7) v roce 1999 pozměněnou žádost, která je v řízení, o přijetí S. enterica jako typového druhu salmonely při zachování druhu „S. typhi“ jako výjimky.

V roce 1987 Le Minor a Popoff (14) rovněž navrhli, aby sedm podrodů salmonel bylo označováno jako poddruhy (poddruhy I, II, IIIa, IIIb, IV, V a VI). Podrod III byl rozdělen na IIIa a IIIb podle genomické příbuznosti a biochemických reakcí. Poddruh IIIa (S. enterica subsp. arizonae) zahrnuje monofázické „arizonské“ sérotypy a poddruh IIIb (S. enterica subsp. diarizonae) obsahuje difázické sérotypy. Všechny „arizonské“ sérotypy zařadil do Kauffmann-Whiteova schématu Rohde v roce 1979 (22).

.