Všechny Okenovy spisy jsou deduktivní ilustrací předpokládaného principu, který spolu s dalšími filozofy transcendentální školy považoval za rovnocenný s vysvětlením všech záhad přírody. Podle něj byla hlava opakováním kmene – jakýmsi druhým kmenem s jeho končetinami a dalšími přídatnými orgány; tento souhrn jeho pozorování a srovnání – z nichž jen málo kdy uvedl podrobně – je třeba mít vždy na paměti při porovnávání podílu, který Oken zaujal v homologické anatomii, s pokrokem, jehož dosáhli jiní pěstitelé tohoto filozofického odvětví vědy. Myšlenku analogie mezi lebkou nebo jejími částmi a páteří již dříve vyslovili a ve svých přednáškách ventilovali Johann von Autenrieth (1772-1835) a Carl Kielmeyer (1765-1844) a ve svých spisech Johann Frank (1745-1821). Oken ji uplatnil především při ilustraci Schellingova mystického systému – „vše ve všem“ a „vše ve všech částech“. Od nejstarších po nejnovější Okenovy spisy na toto téma „hlava je opakováním celého trupu se všemi jeho systémy: mozek je mícha, lebka je páteř, ústa jsou střeva a břicho, nos jsou plíce a hrudník, čelisti jsou končetiny a zuby jsou drápy nebo nehty“. Johann von Spix (1781-1826) ve svém foliantu Cephalogenesis (1818) bohatě ilustroval srovnávací kraniologii, ale fakta prezentoval ve stejném transcendentálním hávu; a Georges Cuvier (1769-1832) využil extravagance těchto Schellingových žáků, aby zesměšnil celé zkoumání oněch vyšších vztahů částí k archetypu, které sir Richard Owen (1804-1892) nazval „obecné homologie“.“

Teorie obratlů lebky prakticky zmizela z anatomické vědy, když se Cuvierovy práce chýlily ke konci. V Owenově knize Archetype and Homologies of the Vertebrate Skeleton byla tato myšlenka nejen oživena, ale poprvé induktivně rozpracována a teorie správně formulována takto: „Hlava není virtuálním ekvivalentem trupu, ale je pouze částí, tj. určitými modifikovanými segmenty, celého těla. Čelisti jsou ‚hemální oblouky‘ prvních dvou segmentů; nejsou to končetiny hlavy.“ (s. 176)

Jasně a podivně však Oken tuto myšlenku smísil se svou apriorní představou o povaze hlavy, příležitost přivlastnit si ji zřejmě překonala Goethův mravní smysl – ledaže by básník skutečně klamal sám sebe. Srovnávací osteologie přitahovala Goethovu pozornost již brzy. V roce 1786 vydal v Jeně spis Ueber den Zwischenkieferknochen des Menschen und der Thiere, v němž ukázal, že mezičelistní kost existuje u člověka stejně jako u zvířat. Ani slovo v této eseji však nenaznačuje, že by v té době měl představu o obratlových analogiích lebky. V roce 1820 ve své Morphologie poprvé veřejně prohlásil, že třicet let před datem této publikace objevil tajný vztah mezi obratli a kostmi hlavy a že o tomto tématu stále meditoval. Okolnosti, za nichž básník v roce 1820 vypráví, že se nechal inspirovat touto originální myšlenkou, jsou podezřele podobné těm, které popsal Oken v roce 1807 a které měly na jeho mysl stejný účinek. V obou případech je náhodně objevena vybělená lebka: u Okena to byla lebka jelena v harzském lese, u Goetha lebka ovce sebraná na břehu Lida v Benátkách.

Dá se předpokládat, že Oken jako privatdozent v Göttingenu v roce 1806 o této Goethově nepublikované myšlence či objevu nic nevěděl a že Goethe se o Okenově myšlence obratlových vztahů lebky poprvé dozvěděl, když vyslechl úvodní přednášku, v níž si mladý profesor, kterého básník pozval do Jeny, vybral právě tuto myšlenku za své téma. Je neuvěřitelné, že kdyby Oken tuto myšlenku od Goetha převzal nebo si byl vědom jejího předjímání, opomenul by přiznat zdroj – že by se raději dychtivě nechopil tak vhodné příležitosti vzdát půvabnou poctu originalitě a genialitě svého patrona.

V roce 1832 byl Oken zvolen zahraničním členem Švédské královské akademie věd.