Čtyři hlavní cesty zpracování a prezentace antigenů jsou exogenní, endogenní, křížová prezentace a autofagická. Profesionální APC pohlcují antigeny a exprimují MHC II. třídy a kostimulační molekuly buď induktivně, nebo konstitutivně. Zralé DC mohou aktivovat naivní, efektorové a paměťové Tc a Th buňky, zatímco makrofágy a B buňky prezentují antigen pouze efektorovým a paměťovým T buňkám. Zrání DC je spouštěno zapojením PRR pomocí DAMP/PAMP a prozánětlivých cytokinů. V exogenní cestě jsou extracelulární antigeny internalizovány APC a degradovány na peptidy v endozomech. Tyto peptidy se vážou na MHC II. třídy a jsou transportovány na povrch APC k rozpoznání buňkami CD4++ T (obvykle Th). V endogenní cestě jsou intracelulární antigeny pocházející z infikovaných nebo transformovaných hostitelských buněk degradovány proteazomy na peptidy. Tyto peptidy se vážou na MHC třídy I v ER a jsou transportovány na povrch cílové buňky k rozpoznání buňkami CD8++ T (obvykle CTL). Zkřížená prezentace je zobrazení peptidů z extracelulárních antigenů na MHC třídy I. Autofagická prezentace je zobrazení peptidů z intracelulárních antigenů na MHC II. třídy. Neklasické molekuly MHC třídy Ib prezentují peptidy podskupinám αβ a γδ T buněk. Proteiny podobné MHC CD1 prezentují antigeny na bázi lipidů podskupinám buněk αβ T, γδ T a NKT.

.