De fyra viktigaste processerna för behandling och presentation av antigener är exogen, endogen, korsvis presentation och autofag. Professionella APC:er engulerar antigener och uttrycker MHC klass II och kostimulerande molekyler antingen inducerat eller konstitutivt. Mogna DCs kan aktivera naiva, effektor- och minnes Tc- och Th-celler, medan makrofager och B-celler endast presenterar antigen till effektor- och minnes T-celler. DC-mognad utlöses av PRR-aktivering av DAMP/PAMPs plus proinflammatoriska cytokiner. I den exogena vägen internaliseras extracellulära antigener av APC och bryts ned till peptider i endosomer. Dessa peptider binds till MHC klass II och transporteras till APC-ytan för att erkännas av CD4++ T-celler (vanligtvis Th). I den endogena vägen bryts intracellulära antigener från infekterade eller transformerade värdceller ner till peptider av proteasomer. Dessa peptider binds till MHC klass I i ER och transporteras till målcellsytan för identifiering av CD8++ T-celler (vanligtvis CTL). Cross-presentation är visning på MHC klass I av peptider från extracellulära antigener. Autofagisk presentation är visning på MHC klass II av peptider från intracellulära antigener. Icke-klassiska MHC-klass Ib-molekyler presenterar peptider för undergrupper av αβ- och γδ-T-celler. MHC-liknande CD1-proteiner presenterar lipidbaserade antigener för undergrupper av αβ T-, γδ T- och NKT-celler.