Em 1964, W39AA, um tradutor da WBGU-TV em Bowling Green, Ohio, assinou no ar no canal 39. Antes de 1974, Fort Wayne tinha sido a única área de Indiana sem acesso à programação da PBS mesmo em cabo (era prática comum da PBS oferecer programas para estações comerciais em mercados sem estações membros da PBS, mas nenhuma evidência relativa ao transporte dos programas da rede em Fort Wayne ainda apareceu); a cobertura da W39AA era geralmente restrita à área imediata de Fort Wayne, já que sua cobertura não era poderosa o suficiente para cobrir todo o mercado. Esta estação de repetidor de baixa potência era apenas um local, já que o canal 39 foi alocado como um canal educacional de alta potência em Fort Wayne. No início da década de 1980, a estação tornou-se um tradutor da estação PBS de Indianápolis WFYI.

Em 12 de março de 1985, um grupo de televisão pública local recebeu o slot do canal 39 da FCC, e licenciou a estação sob as cartas de chamada da WFWA; a WFWA assinou no ar em 5 de dezembro de 1986, trazendo ao nordeste de Indiana sua própria estação PBS pela primeira vez.

Em 2003, a WFWA tornou-se a primeira estação de televisão no mercado de Fort Wayne a transmitir um sinal digital, levando originalmente a alimentação nacional da PBS HDTV em um sub-canal separado de sua programação regular; problemas de financiamento fariam com que mais tarde a alimentação nacional em HD fosse puxada, deixando toda a programação em definição padrão por vários anos. Foi anunciado que o canal principal do WFWA 39.1 iria transmitir em alta definição em tempo integral em algum momento durante o verão de 2010. Durante uma pausa no verão de 2010, o gerente geral Bruce Haines anunciou que a mudança ocorreria em 4 de julho de 2010 às 19h30. Devido aos avanços na compressão de vídeo, a estação foi capaz de atualizar seu canal principal para HD sem sacrificar a qualidade de vídeo de seus outros três sub-canais SD.

Em maio de 2013, a estação anunciou uma campanha de arrecadação de fundos para atualizar sua infra-estrutura nos próximos três anos, incluindo um aumento de sinal, a compra de equipamentos de produção remota e melhorias no controle mestre da estação.