Dependente da seqüência e outras condições, ácidos nucléicos podem formar uma variedade de motivos estruturais que se pensa ter significância biológica.

Emparelhamento de base intramolecular de loop de hastes é um padrão que pode ocorrer em DNA de cadeia única ou, mais comumente, em RNA. A estrutura também é conhecida como um grampo de cabelo ou loop de grampo de cabelo. Ocorre quando duas regiões da mesma mecha, geralmente complementares em seqüência nucleotídica quando lidas em direções opostas, formam uma dupla hélice que termina em um laço não emparelhado. A estrutura resultante é um bloco de construção chave de muitas estruturas secundárias de RNA. DNA cruciforme O DNA cruciforme é uma forma de DNA não-B que requer pelo menos uma sequência de 6 repetições invertidas de nucleotídeos para formar uma estrutura que consiste em uma haste, um ponto de ramificação e um laço na forma de uma cruciforme, estabilizada por superenrolamento negativo de DNA. Duas classes de DNA cruciforme foram descritas; dobrado e desdobrado. As estruturas secundárias G-quadruplex G-quadruplex (G4) são formadas em ácidos nucléicos por sequências ricas em guanina. Elas são helicoidais em forma e contêm tetrads de guanina que podem se formar a partir de um, dois ou quatro cordões. D-loop Um laço de deslocamento ou D-loop é uma estrutura de DNA onde as duas cordas de uma molécula de DNA de cadeia dupla são separadas por um estiramento e mantidas separadas por uma terceira cordão de DNA. Um laço R é semelhante a um D-loop, mas neste caso a terceira cadeia é o RNA e não o ADN. A terceira vertente tem uma sequência de base que é complementar a uma das vertentes principais e emparelha-se com ela, deslocando assim a outra vertente principal complementar na região. Dentro dessa região, a estrutura é, portanto, uma forma de ADN de três cordões. Um diagrama no papel que introduz o termo ilustra o D-loop com uma forma parecida com um “D” maiúsculo, onde o cordão deslocado formava o laço do “D”.