Até o final de julho de 1898, 13.000 voluntários americanos e 2.000 tropas regulares chegaram para tomar o controle das Filipinas a partir dos espanhóis como parte da Guerra Hispano-Americana. Juntamente com o exército revolucionário filipino, com cerca de 13.000 soldados, enfrentaram 13.000 espanhóis em Manila. Os americanos e os filipinos compartilharam o objetivo comum de derrotar a Espanha, mas depois os filipinos queriam a independência, enquanto os Estados Unidos queriam as Filipinas como território. Foi uma diferença que levou ao conflito.

O governador espanhol em Manila percebeu que a sua situação era desesperançosa, mas queria resistir pelo menos por uma questão de honra e evitar uma corte marcial em casa. Ele também temia que os rebeldes filipinos pudessem massacrar as suas tropas. Os americanos também queriam evitar um massacre, e negar aos rebeldes a legitimidade política que eles ganhariam ao tomar a cidade. Assim, fizeram um acordo secreto: os espanhóis ofereceriam resistência mínima se os americanos prometessem manter os filipinos de fora. Em 13 de agosto, após uma curta batalha na qual 17 soldados americanos foram mortos e 105 feridos, os soldados americanos ocuparam Manila e excluíram os filipinos.

Nos termos do Tratado de Paris, as Filipinas se tornaram um território dos Estados Unidos, não um país independente. O Senado dos EUA ainda precisava ratificar o tratado, mas os filipinos não esperaram para ver o que aconteceria. Eles estabeleceram uma república com uma capital em Malolos e se prepararam para resistir a qualquer tentativa dos EUA de afirmar o tratado. Enquanto os soldados de ambos os lados esperavam ansiosamente, as relações entre os aliados deterioravam-se e os confrontos tornavam-se comuns. Era apenas uma questão de tempo até que a violência em larga escala irrompesse.

Na noite de 4 de fevereiro de 1899, patrulhas filipinas e americanas trocaram tiros perto de uma vila disputada. Os tiros espalharam-se rapidamente, e ao amanhecer, os americanos lançaram um ataque. Até hoje ninguém sabe quem disparou o primeiro tiro, mas a guerra foi em.

Em Washington, o Senado ratificou por pouco o Tratado de Paris a 6 de Fevereiro. Tendo adquirido formalmente as Filipinas da Espanha, os Estados Unidos declararam que sua nova posse estava em estado de insurreição.

O Exército Nacionalista de Libertação das Filipinas tinha 40.000 soldados mais milícias locais, mas faltava treinamento, disciplina e equipamento. Eles também sofriam de uma liderança incompetente e inexperiente. As tropas americanas contavam com menos de 20 mil homens, a maioria dos quais eram voluntários estaduais que esperavam voltar para casa agora que a guerra com a Espanha havia terminado. No entanto, os voluntários lutaram bem e no final de fevereiro haviam expulsado o exército filipino de Manila, esmagando uma revolta dentro da própria cidade. No final de março, eles haviam capturado Malolos e infligido uma série de derrotas bruscas às forças filipinas.

A campanha abrandou durante o verão de 1899. A pequena força norte-americana lutou para operar longe da sua base em Manila. A doença e a fadiga reduziram alguns regimentos em 60 por cento. Quando a época das monções chegou, o Exército ficou sob pressão política para mandar os voluntários estaduais para casa.

Congresso respondeu autorizando uma força de voluntários para o serviço das Filipinas. Ao contrário dos voluntários estaduais de 1898, estas unidades foram organizadas pelo governo federal. Em setembro de 1899, começaram a chegar os novos regimentos voluntários dos EUA, juntamente com unidades adicionais de voluntários regulares. Com a partida dos voluntários estaduais, os EUA ficaram com uma força efetiva de pouco menos de 27.000 homens. Pressionando o ataque, os Voluntários destruíram grande parte do exército nacionalista, espalhando o resto. Os Nacionalistas responderam mudando para a guerrilha.

A mudança de táticas funcionou a seu favor. O terreno, constituído por um labirinto de arrozais, montanhas e selvas, perfurado apenas por trilhas acidentadas e algumas estradas primitivas, deu inúmeras vantagens aos guerrilheiros filipinos sobre os americanos, que lutaram com a geografia desconhecida e o clima severo.

Os nacionalistas reorganizaram-se em comandos regionais, completados por um governo “sombra”, para travar uma guerra de emboscadas, invasões e ataques surpresa destinados a manter os americanos fora de equilíbrio. Guerrilhas disfarçaram-se de não combatentes, misturadas com civis, e usaram uma combinação de caridade e terror para garantir o apoio das populações locais. Os nacionalistas procuravam seqüestrar a vontade americana de lutar e alcançar a vitória política, e não militar.

Os EUA também dividiram suas tropas, dando aos comandos regionais a responsabilidade de pacificar uma determinada área. As tropas tripulavam centenas de pequenos postos em ou perto de cidades que serviam três propósitos: proteger a população da intimidação da guerrilha, interferir na capacidade da população de fornecer alimentos e recrutas para a guerrilha e fornecer bases para pequenas patrulhas de unidades e incursões no mato em busca do inimigo. A divisão das tropas causou problemas de abastecimento, moral, comando e controle. A doença e o cansaço ameaçavam minar a eficácia de muitas pequenas guarnições. Entretanto, a estratégia manteve a guerrilha em fuga e desgastou sua capacidade de lutar.

O presidente McKinley ordenou às tropas que “ganhassem a confiança, o respeito e a admiração dos habitantes das Filipinas”, assim as forças americanas também trabalharam para restaurar a sociedade civil construindo escolas e estradas, reformando mercados, melhorando a saúde e o saneamento, e oferecendo anistia à guerrilha. Restabeleceram os serviços do governo e gradualmente transferiram o controle político para os filipinos. Apesar deste progresso, os combates duraram mais um ano inteiro. O novo comandante, General Arthur MacArthur, permitiu maior uso da prisão, deportação, execução e confisco e/ou destruição de propriedade para punir a guerrilha.

Estas medidas estéreis, juntamente com a promessa contínua de tratamento equitativo e governo representativo, acabaram por quebrar as costas do movimento de resistência. Os últimos grandes comandantes revolucionários se renderam na primavera de 1902; e em 4 de julho os Estados Unidos proclamaram oficialmente que a insurreição havia terminado.

Em seu relatório oficial, o Secretário de Guerra Elihu Root concluiu, “é evidente que a insurreição foi encerrada, tanto tornando uma guerra angustiante e sem esperança por um lado, como tornando a paz atraente”.

Ultimamente, mais de 126.000 soldados regulares e voluntários serviram nas Filipinas entre 1899 e 1902. Destes, 1.000 morreram em batalha ou de ferimentos recebidos em batalha, mais 3.000 morreram de doenças e outras causas, e quase outros 3.000 foram feridos.