A cidade de Houston estabilizou o exterior do edifício, e os membros da Houston Aviation Alliance trabalharam para salvar o terminal. Em 1998, a Houston Aeronautical Heritage Society (HAHS), uma organização sem fins lucrativos, foi formada principalmente para salvar o ameaçado edifício do terminal. A HAHS reconheceu que o financiamento e a renovação devem ser completados em fases, e criou um plano para restaurar o edifício ao longo do tempo. No final de 2003, os empreiteiros da HAHS concluíram a redução de amianto e chumbo da ala norte do terminal. O processo de abatimento retirou o reboco original das paredes interiores, deixando intactas as paredes das cortinas de azulejos não portadoras de carga do terminal.

A Ala Norte do Terminal Aéreo foi aberta ao público em Fevereiro de 2004 como primeira fase do museu. A Ala Norte restaurada do terminal abrigou a coleção do museu e a loja de presentes e serviu como base de operações do museu, ao mesmo tempo em que completou a captação de recursos e a restauração do restante do edifício.

O restante do edifício completou a redução de amianto em maio de 2008 e completou a reconstrução do átrio e do mezanino em fevereiro de 2009. O piso inferior completo será restaurado ao seu estado original quando os fundos permitirem. O museu se espalhará e ocupará todo o primeiro andar do edifício do terminal e então começará a renovação dos andares superiores.

The American Institute of Aeronautics &Astronautics (AIAA) designou o Museu do Terminal Aéreo de 1940 como um Local Histórico da Aeroespacial. O Terminal Aeroespacial de 1940 é o 35º site aeroespacial do AIAA reconhecido como um raro exemplo da arquitetura clássica do aeroporto Art Deco. Em fevereiro de 2010, a Houston Aeronautical Heritage Society foi agraciada com um Good Brick Award de excelência em preservação para o Museu do Terminal Aéreo de 1940. Os Good Brick Awards são entregues anualmente pela Greater Houston Preservation Alliance. Em 2008, a Houston Press declarou o terminal como “Melhor Peça da História da Aviação”.

Em 2008, o HAHS recebeu uma licença para o hangar mais antigo nos terrenos do Hobby Airport, um hangar de manutenção da Grande Frota de Prata de 1929. A organização usará este hangar para exibir exposições maiores da coleção, como dois simuladores, e a coleção de aeronaves da HAHS, que inclui um tradutor executivo da Lockheed Lodestar de 1943, e um S-58 Sikorsky Helicopter que foi equipado para o transporte civil de cargas pesadas.