Wszystkie pisma Okena są dedukcyjnymi ilustracjami pewnej założonej zasady, którą wraz z innymi filozofami szkoły transcendentalnej uważał za równą wyjaśnieniu wszystkich tajemnic natury. Według niego głowa była powtórzeniem pnia – rodzajem drugiego pnia, z jego kończynami i innymi przydatkami; ta suma jego spostrzeżeń i porównań – z których niewiele kiedykolwiek podał w szczegółach – powinna być zawsze pamiętana przy porównywaniu udziału Okena w anatomii homologicznej z postępem poczynionym przez innych uprawiających tę filozoficzną gałąź nauki. Idea analogii między czaszką lub jej częściami a kręgosłupem została już wcześniej wysunięta i przedstawiona w wykładach przez Johanna von Autenrietha (1772-1835) i Carla Kielmeyera (1765-1844) oraz w pismach Johanna Franka (1745-1821). Oken zastosował je przede wszystkim do zilustrowania mistycznego systemu Schellinga – „wszystko-w-wszystko” i „wszystko-w-każdej-części”. Od najwcześniejszych do najnowszych pism Okena na ten temat, „głowa jest powtórzeniem całego tułowia ze wszystkimi jego systemami: mózg jest rdzeniem kręgowym; czaszka jest kręgosłupem; usta są jelitami i brzuchem; nos jest płucami i klatką piersiową; szczęki są kończynami; a zęby pazurami lub paznokciami.” Johann von Spix (1781-1826) w swoim folio Cephalogenesis (1818), bogato zilustrował kraniologię porównawczą, ale przedstawił fakty pod tym samym transcendentalnym pozorem; a Georges Cuvier (1769-1832) skorzystał z ekstrawagancji tych uczniów Schellinga, aby ośmieszyć całe dociekania na temat tych wyższych relacji części do archetypu, które Sir Richard Owen (1804-1892) nazwał „homologiami ogólnymi”.”

Kręgowa teoria czaszki praktycznie zniknęła z nauki anatomicznej, gdy prace Cuviera dobiegły końca. W Owen’s Archetype and Homologies of the Vertebrate Skeleton idea ta została nie tylko ożywiona, ale po raz pierwszy opracowana indukcyjnie, a teoria słusznie stwierdzona, jak następuje: „Głowa nie jest wirtualnym odpowiednikiem tułowia, lecz stanowi jedynie część, tj. pewne zmodyfikowane segmenty, całego ciała. Szczęki są 'łukami hemowymi’ pierwszych dwóch segmentów; nie są one kończynami głowy” (s. 176).

Niejasno i dziwnie, jednakże, ponieważ Oken połączył tę ideę ze swoją aprioryczną koncepcją natury głowy, wydaje się, że szansa przywłaszczenia jej przezwyciężyła zmysł moralny Goethego – chyba że poeta rzeczywiście oszukał samego siebie. Osteologia porównawcza wcześnie przyciągnęła uwagę Goethego. W 1786 roku opublikował w Jenie swój esej Ueber den Zwischenkieferknochen des Menschen und der Thiere, w którym wykazał, że kość międzyszczękowa istnieje zarówno u człowieka, jak i u brutali. Ale ani jedno słowo w tym eseju nie daje najodleglejszej wskazówki, że posiadał on wtedy ideę kręgowych analogii czaszki. W 1820 roku, w swojej Morphologie, po raz pierwszy publicznie stwierdził, że trzydzieści lat przed datą publikacji odkrył tajemniczy związek między kręgami a kośćmi głowy, i że zawsze kontynuował rozważania na ten temat. Okoliczności, w których poeta w 1820 roku opowiada o natchnieniu oryginalnym pomysłem, są podejrzanie analogiczne do tych opisanych przez Okena w 1807 roku, jako wywołujące ten sam efekt w jego umyśle. W obu przypadkach przypadkowo odkryta zostaje wybielona czaszka: u Okena była to czaszka jelenia w lesie Harz, u Goethego – czaszka owcy znalezionej na brzegu Lido w Wenecji.

Można przypuszczać, że Oken, jako Privatdozent w Getyndze w 1806 roku, nie wiedział nic o tym niepublikowanym pomyśle czy odkryciu Goethego, a Goethe po raz pierwszy dowiedział się, że Oken miał pomysł na relacje kręgów w czaszce, gdy wysłuchał wstępnego wykładu, w którym młody profesor, zaproszony przez poetę do Jeny, wybrał ten właśnie pomysł na swój temat. To niewiarygodne, że Oken, gdyby przejął tę ideę od Goethego lub był świadomy jej antycypacji, nie powinien był nie przyznać się do źródła – nie powinien był raczej skwapliwie skorzystać z tak odpowiedniej okazji do złożenia wdzięcznego hołdu oryginalności i geniuszowi swego patrona.

W 1832 roku Oken został wybrany na zagranicznego członka Królewskiej Szwedzkiej Akademii Nauk.