Wieś Batavia została założona w 1802 roku przez Josepha Ellicotta, agenta Holland Land Company. Batavia, New York, został nazwany dla krótkotrwałego Batavian Republic (1795-1806) na cześć Holland Land Company. Nazwa Republiki Batawskiej pochodzi od Batawów, starożytnego germańskiego plemienia, które zamieszkiwało deltę Renu i Maasu w środkowej Holandii. Podczas renesansu w Niderlandach (1500 r.) i holenderskiego Złotego Wieku (1600 r.) holenderscy nacjonaliści stworzyli „mit batawski” i twierdzili, że starożytni Batawowie byli przodkami Holendrów. Ten region jest obecnie znany jako Betuwe, holenderskie słowo pochodzące od „Batavii”.”

Jednym z postanowień sprzedaży było to, że Morris potrzebował uregulować indiański tytuł własności do ziemi, więc zorganizował dla swojego syna Thomasa Morrisa negocjacje z Irokezami w Geneseo, Nowy Jork w 1797 roku. Około 3000 Irokezów, głównie Seneków, przybyło na negocjacje. Wódz Seneków i orator Red Jacket był stanowczo przeciwny sprzedaży, ale jego wpływy zostały zniweczone przez swobodnie rozprowadzany alkohol i drobiazgi rozdawane kobietom. Zgodził się i podpisał Traktat o Wielkim Drzewie, w którym plemię sprzedało swoje prawa do ziemi z wyjątkiem niewielkiej części za 100 000 dolarów. Mary Jemison, znana jako Biała Kobieta z Genesee, która została schwytana podczas najazdu i poślubiła swojego porywacza Senekę, była zdolnym negocjatorem dla plemienia i pomogła wywalczyć bardziej korzystne warunki. W negocjacjach Horatio Jones był tłumaczem, a William Wadsworth udostępnił swój niedokończony dom. Ziemia została następnie zbadana pod nadzorem Josepha Ellicotta, co było monumentalnym zadaniem i największym badaniem ziemi, jakie kiedykolwiek próbowano przeprowadzić do tego czasu.

Ellicott, jako agent firmy, założył biuro ziemskie w Batavii w 1802 roku. Cały zakup został nazwany hrabstwem Genesee w 1802 roku, z Batavią jako siedzibą hrabstwa. Spółka wyprzedawała ten zakup do roku 1846, kiedy to została rozwiązana. Wyrażenie „doing a land office business”, oznaczające dobrobyt, pochodzi właśnie z tej epoki. Biuro jest dziś muzeum i zostało uznane za National Historic Landmark. Ellicott mieszkał w Batavii przez wiele lat, chociaż uważał, że Buffalo stanie się większe. Batavia ma główną ulicę nazwaną jego imieniem (Ellicott Street), jak również mniejszą ulicę (Ellicott Avenue) i duży pomnik w sercu miasta. Batavia została włączona jako wieś w 1823 roku.

Obecne hrabstwa zachodniego Nowego Jorku zostały utworzone z oryginalnego hrabstwa Genesee, a nowoczesne hrabstwo Genesee jest tylko jednym z wielu. Ale cały ten obszar jako region jest wciąż określany jako Genesee Country. W ten sposób Batavia była rdzeniem, z którego reszta zachodniego Nowego Jorku została otwarta dla osadnictwa i rozwoju.

Skandal w loży masońskiejEdit

Skandal wybuchł w Batavii w 1826 roku, kiedy William Morgan został obrażony przez lokalną lożę masońską (Western Star Chapter R. A. M. No. 33 of Le Roy, New York) i zagroził ujawnieniem sekretów loży. Został aresztowany pod drobnym zarzutem, a następnie zwolniony po uiszczeniu opłaty, w towarzystwie kilku mężczyzn, z którymi poszedł, najwyraźniej niechętnie. Jak się później okazało, mężczyźni ci byli masonami i zabrali go do Fortu Niagara, gdzie był przetrzymywany w niewoli, a następnie zaginął. Chociaż Masoni twierdzili, że został tylko przekupiony, aby zaprzestał publikacji i opuścił ten teren na zawsze, opinia publiczna uważała, że został zamordowany. Nigdy nie uzyskano żadnego wyroku skazującego. Jego porywacze zostali tylko oskarżeni i skazani za jego uprowadzenie.

To wydarzenie wywołało ogromną publiczną furorę i nastroje antymasońskie. Antymasoneria była czynnikiem w polityce przez wiele lat później, prowadząc do powstania Partii Antymasońskiej, a także w religii. Wielu duchownych Metodystów Episkopalnych dołączyło do masonów i był to jeden z powodów oddzielenia się Wolnego Kościoła Metodystycznego.

Kanał ErieEdit

Kanał Erie w 1825 r. ominął Batavię, idąc dobrze na północ w Albion i Medina, umożliwiając Buffalo i Rochester rozwijać się znacznie szybciej. Wraz z zakończeniem sprzedaży zachodniej części stanu, Batavia stała się małym miastem przemysłowym w sercu rolniczego obszaru. Stała się znana z produkcji traktorów, narzędzi rolniczych, opryskiwaczy i butów. Było to również centrum produkcji narzędzi i matryc dla przemysłu w innych obszarach.

Największy producent, Johnston Harvester Company powstał w 1868 roku. W 1910 roku, firma została przejęta przez Massey-Harris Co. Ltd, i stała się filią tej kanadyjskiej firmy, założonej przez Daniela Massey’a w 1847 roku.

Batavia rozwijała się szybko na początku XX wieku, otrzymując napływ polskich i włoskich imigrantów. Miasto Batavia zostało włączone do miasta w 1915 roku.

Najnowsza historiaEdit

Zakłady mleczarskie Oatka nadal przetwarzają mleko z okolicznych farm mlecznych, których jest mniej, ale są większe w ostatnich czasach.

Batavia jest częścią tego, co stało się znane jako Pas Rdzy. W ostatnich latach wiele z cięższego przemysłu wyjechało do innych obszarów USA lub za granicę i według danych Spisu Powszechnego USA nastąpił stopniowy, ale konsekwentny spadek populacji miasta od 1960 roku.

Budowa Buffalo Federal Detention Facility, federalnego centrum zatrzymań imigrantów obok lotniska dostarczyła więcej miejsc pracy w okolicy, a także ekspansję lotniska, w tym wydłużenie pasa startowego, aby pomieścić większe samoloty w 2005 roku. Więźniowie w centrum zatrzymań obejmowały podejrzanych o terroryzm, takich jak Nabil Ahmed Farag Soliman, który rozpoczął strajk głodowy w 1999 roku po dwóch i pół roku w federalnym detention.

W sierpniu 2012 roku, Muller Quaker Dairy złamał grunt na to, co miało być jednym z największych zakładów produkcji jogurtów w Stanach Zjednoczonych, i zatrudniał 170 osób w grudniu 2015 roku. Muller Quaker Dairy jest spółką joint venture pomiędzy PepsiCo i Theo Muller Group. 10 grudnia 2015 r. ogłoszono zamknięcie fabryki jogurtów z dodatkową wiadomością, że obiekt zostanie sprzedany spółdzielni Dairy Farmers of America.

.