Alle geschriften van Oken zijn deductieve illustraties van een verondersteld principe, dat hij, met andere filosofen van de transcendentale school, gelijkstelde aan de verklaring van alle mysteries van de natuur. Volgens hem was het hoofd een herhaling van de romp – een soort tweede romp, met zijn ledematen en andere aanhangsels; deze som van zijn observaties en vergelijkingen – waarvan hij er maar weinig in detail heeft weergegeven – moet altijd in gedachten worden gehouden bij het vergelijken van het aandeel dat Oken in de homologische anatomie heeft ingenomen met de vooruitgang die andere cultiveerders van die filosofische tak van de wetenschap hebben geboekt. Het idee van de analogie tussen de schedel, of delen van de schedel, en de wervelkolom was eerder naar voren gebracht en geventileerd in hun lezingen door Johann von Autenrieth (1772-1835) en Carl Kielmeyer (1765-1844), en in de geschriften van Johann Frank (1745-1821). Door Oken werd het vooral toegepast ter illustratie van het mystieke systeem van Schelling – het “alles-in-het-geheel” en het “alles-in-elkaar-deel”. Van de vroegste tot de laatste van Oken’s geschriften over dit onderwerp, “is het hoofd een herhaling van de hele romp met al zijn systemen: de hersenen zijn het ruggenmerg; de schedel is de wervelkolom; de mond is darm en buik; de neus is de longen en borstkas; de kaken zijn de ledematen; en de tanden de klauwen of nagels.” Johann von Spix (1781-1826) illustreerde in zijn folio Cephalogenesis (1818), rijkelijk de vergelijkende craniologie, maar presenteerde de feiten onder hetzelfde transcendentale mom; en Georges Cuvier (1769-1832) maakte van de extravaganties van deze discipelen van Schelling gebruik om het hele onderzoek naar die hogere relaties van delen tot het archetype, die Sir Richard Owen (1804-1892) “algemene homologieën” noemde, belachelijk te maken.”

De werveltheorie van de schedel was praktisch uit de anatomische wetenschap verdwenen toen het werk van Cuvier ten einde liep. In Owen’s Archetype and Homologies of the Vertebrate Skeleton werd het idee niet alleen nieuw leven ingeblazen, maar voor het eerst ook inductief uitgewerkt, en de theorie werd terecht als volgt geformuleerd: “Het hoofd is niet een virtueel equivalent van de romp, maar is slechts een deel, d.w.z. bepaalde gemodificeerde segmenten, van het gehele lichaam. De kaken zijn de ‘hemabogen’ van de eerste twee segmenten; het zijn geen ledematen van het hoofd” (p. 176).

Vaag en vreemd echter, zoals Oken het idee had vermengd met zijn a priori opvatting over de aard van het hoofd, schijnt de kans om het zich toe te eigenen het morele gevoel van Goethe te hebben overwonnen – tenzij de dichter zich inderdaad bedrogen had. Vergelijkende osteologie had al vroeg Goethe’s aandacht getrokken. In 1786 publiceerde hij in Jena zijn opstel Ueber den Zwischenkieferknochen des Menschen und der Thiere, waarin hij aantoonde dat het intermaxillair bot zowel bij de mens als bij de bruten bestond. Maar geen woord in dit essay geeft ook maar de geringste aanwijzing dat hij toen het idee had van de wervel analogieën van de schedel. In 1820 verklaarde hij in zijn Morphologie voor het eerst openlijk dat hij dertig jaar vóór de datum van die publicatie de geheime verwantschap tussen de wervels en de beenderen van het hoofd had ontdekt, en dat hij altijd over dit onderwerp was blijven nadenken. De omstandigheden waaronder de dichter, in 1820, vertelt geïnspireerd te zijn geraakt door het oorspronkelijke idee zijn verdacht veel analoog aan die beschreven door Oken in 1807, die hetzelfde effect op zijn geest teweegbracht. In beide gevallen wordt bij toeval een gebleekte schedel ontdekt: bij Oken was het die van een hert in het woud van Harz; bij Goethe was het die van een schaap dat aan de oevers van het Lido in Venetië werd opgeraapt.

Men mag aannemen, dat Oken als Privatdozent te Göttingen in 1806 niets wist van dit ongepubliceerde idee of ontdekking van Goethe, en dat Goethe voor het eerst op de hoogte kwam van het idee van Oken over de wervelbetrekkingen van de schedel, toen hij luisterde naar de inleidende redevoering, waarin de jonge professor, door de dichter te Jena uitgenodigd, juist dit idee als onderwerp koos. Het is ongelooflijk dat Oken, als hij het idee van Goethe had overgenomen, of zich bewust was geweest van een anticipatie door hem, zou hebben verzuimd de bron te erkennen – niet veeleer gretig een zo geschikte gelegenheid zou hebben aangegrepen om een gracieus eerbetoon te brengen aan de originaliteit en het genie van zijn beschermheer.

In 1832 werd Oken gekozen tot buitenlands lid van de Koninklijke Zweedse Academie van Wetenschappen.