1964-ben a W39AA, az Ohio állambeli Bowling Greenben található WBGU-TV fordítója, a 39-es csatornán jelentkezett. 1974 előtt Fort Wayne volt az egyetlen olyan terület Indianában, ahol még kábelen sem volt elérhető a PBS műsora (a PBS-nek bevett gyakorlata volt, hogy a PBS-tagállomások nélküli piacokon a kereskedelmi állomásoknak is kínált programokat, de a hálózat műsorainak Fort Wayne-i közvetítésére vonatkozó bizonyítékok még nem kerültek elő); a W39AA lefedettsége általában Fort Wayne közvetlen környékére korlátozódott, mivel nem volt elég erős ahhoz, hogy az egész piacot lefedje. Ez a kis teljesítményű átjátszóállomás csupán helytartó volt, mivel a 39-es csatornát Fort Wayne-ben teljes teljesítményű oktatási csatornaként osztották ki. Az 1980-as évek elejére az állomás az indianapolisi PBS-állomás, a WFYI fordítója lett.

1985. március 12-én egy helyi közszolgálati televíziós csoport megkapta az FCC-től a 39-es csatorna helyét, és a WFWA hívóbetűkkel engedélyezte az állomást; a WFWA 1986. december 5-én lépett adásba, így Északkelet-Indiana először kapott saját PBS-állomást.

2003-ban a WFWA lett az első televíziós állomás a Fort Wayne-i piacon, amely digitális jelet sugárzott, eredetileg az országos PBS HDTV adását sugározta egy külön alcsatornán a normál programtól; később finanszírozási problémák miatt az országos HD adást kivonták, így az összes program több évig normál felbontásban maradt. Bejelentették, hogy a WFWA 39.1-es főcsatornája 2010 nyarán valamikor teljes munkaidőben nagyfelbontásban fog sugározni. Egy 2010 nyári ígéretszünetben Bruce Haines vezérigazgató bejelentette, hogy a váltás 2010. július 4-én este fél nyolckor fog megtörténni. A videó tömörítésben elért fejlődésnek köszönhetően az állomás képes volt a főcsatornát HD-re frissíteni anélkül, hogy a másik három SD alcsatorna videóminőségét feláldozta volna.

2013 májusában az állomás adománygyűjtést jelentett be, hogy a következő három évben korszerűsítse az infrastruktúráját, beleértve a jelerősítést, távoli gyártási berendezések vásárlását és az állomás főirányításának fejlesztését.