A domének a fehérjék különböző funkcionális és/vagy szerkezeti egységei. Általában egy adott funkcióért vagy kölcsönhatásért felelősek, hozzájárulva a fehérje általános szerepéhez. A domének számos biológiai kontextusban létezhetnek, ahol hasonló domének különböző funkciójú fehérjékben is megtalálhatók.

A Src homology 3 (SH3) domének például olyan kis, körülbelül 50 aminosavmaradékból álló domének, amelyek fehérje-fehérje kölcsönhatásokban vesznek részt. Az SH3 domének jellegzetes 3D szerkezettel rendelkeznek (4. ábra). Különböző funkciójú fehérjékben fordulnak elő, többek között adaptorfehérjékben, foszfatidilinozitol-3-kinázokban, foszfolipázokban és miozinokban.

Egy példa a több SH3-domént tartalmazó fehérjére a citoplazmatikus Nck fehérje. Az Nck az adaptor fehérjék családjába tartozik, és részt vesz a növekedési faktor receptor tirozinkinázoktól érkező jelek továbbításában a downstream jelfogadók felé. Az Nck doménösszetételét az 5. ábra szemlélteti.

Amint azt az Nck esetében is láttuk, a fehérjék több doménből is állhatnak. Az egyes domének gyakran specifikus funkciókkal rendelkeznek, például egy adott molekula megkötése vagy egy adott reakció katalizálása, és ezek együttesen hozzájárulnak a fehérje általános szerepéhez (lásd például a foszfolipáz D1 enzim doménösszetételét az alábbi 6. ábrán).

A fehérje tartalmaz egy PX (phox) domént, amely a foszfatidilinozitol megkötésében vesz részt, egy PH (pleckstrin homológia) domént, amelynek szerepe van az enzimnek a sejten belüli meghatározott helyekre való irányításában, valamint két PLD (foszfolipáz D) domént, amely a fehérje katalitikus aktivitásáért felelős.