A Helicobacter pylori (H. pylori) krónikus fertőzése a gyomorrák ismert kockázati tényezője. A H. pylori-fertőzés eradikációs aránya a PPI-k és antibiotikumok klasszikus hármas kezelésével alacsony. Ezért a probiotikumok hasznos eszközt jelentenek az eradikációs arány javítására és a mellékhatások csökkentésére. Állati modelleken végzett számos vizsgálat kimutatta, hogy a Lactobacillus spp. önmagában és más probiotikus törzsekkel kombinálva gátló hatással van a növekedésre és a gyulladásos válaszok elnyomására H. pylori fertőzésekben. Néhány vizsgálat azonban a Pediococcus törzsek jelentős hatását mutatta ki a H. pylori fertőzések szuppressziójára, túlélésére és eradikációjára. Ezért javasolt, hogy a H. pylori fertőzések kezelésében a szokásos probiotikus törzsek mellett a Pediococcus különböző törzsei is alkalmazhatók legyenek. A legújabb vizsgálatok azt mutatták, hogy a Lactobacillus reuteri és a Lactobacillus gasseri önmagában a PPI-kkel együtt nagy eradikációs hatást fejt ki a H. pylori fertőzésekre, és a jövőbeni terápiás protokollokban a betegek probiotikus kezelésére javasolt. A probiotikus kezelési folyamattal kapcsolatban nem javasolt, hogy a probiotikumokat a H. pylori-eradikáció egyetlen kezeléseként lehessen alkalmazni. A probiotikumok kiegészítésként történő alkalmazása azonban fokozza az eradikációt és csökkenti a kezeléssel járó mellékhatásokat. Széles körben elterjedt nézet, hogy a probiotikumok javíthatják a H. pylori eradikációját és csökkenthetik a mellékhatásokat a standard kezelés során, de egyes probiotikus baktériumfajok hasznosak lehetnek a gyógyszeres kezelés mellett. Általánosságban elmondható, hogy a probiotikus kiegészítők növelhetik a H. pylori fertőzések eradikációs arányát és csökkenthetik az antibiotikumok mellékhatásait.