Az ultrahangvizsgálatot ebben a szakaszban azért ajánljuk, mert a baba már eléggé megnőtt, és könnyebb jó pontossággal felmérni a belső szerveit. Szisztematikusan megvizsgálják az embrió összes szerkezetét, ami a morfológiáját és a méreteit illeti. Ez magában foglalja az agy és a koponya, az arc, a mellkas és a tüdő, a szív és az erek, a hasfal és a zsigerek, a húgy- és nemi szervek morfológiájának vizsgálatát fiúknál és lányoknál, a felső és alsó végtagok, valamint a gerinc vizsgálatát. Lehetőség van arra is, hogy megnézzük a magzatot a szonográfiás markerek (puha markerek) jelenlétére. Ezek jelenléte megváltoztatja a kromoszóma-rendellenességek valószínűségét. Ilyen markerek a rövid combcsont vagy felkarcsont, echogén fókuszok a szívben, enyhe hidronephrosis, choroid plexusok a magzati agyban, echogén bél, rövid orrcsont vagy fokozott tarkóredő. Az egy vagy több szonográfiás markert mutató embriók többsége azonban általában egészséges magzat. Mivel azonban ezek a markerek gyakran kromoszóma-rendellenességgel rendelkező magzatokban is jelen vannak, jelenlétük megváltoztatja azt a kockázatot, amelyet az első trimeszterben a tarkótükör-átvilágításkor adtak.

A vizsgálat során ellenőrzik a méhlepény helyzetét, a magzatvíz mennyiségét is. Megmérik a méhnyak hosszát, a rövid méhnyak jelezheti, ha az anya ki van téve a koraszülés veszélyének. Ebben a szakaszban végezzük el a méh artériák Doppler vizsgálatát is, amely megmutathatja, hogy ebben a terhességben fennáll-e a preeklampszia vagy méhen belüli növekedési zavar kialakulásának fokozott kockázata. Ezzel az ultrahangvizsgálattal sok veleszületett rendellenesség kimutatható, de nem mindegyik. Hangsúlyoznunk kell, hogy ha ezzel az ultrahangvizsgálattal nem észlelnek rendellenességet, akkor a baba anatómiai problémájának kockázata jelentősen csökken, de nem szűnik meg.