A második világháború éveiben az amerikai hadsereg gyorsan bővítette katonai bázisainak rendszerét, mivel a fiatal férfiak száma a sorozás és a sorozás révén ugrásszerűen megnőtt. Közülük sokan a futballpálya egykori főiskolás és profi sztárjai közül kerültek ki. A National Football League mintegy 19 aktív vagy korábbi játékosa halt meg végül az amerikai háborús erőfeszítésekben, megszámlálhatatlanul sok korábbi főiskolás mellett.

A háborús erőfeszítések elején egy futballszakíró így nyilatkozott a katonai kiképzéssel rendelkező futballcsapatok megalakításának alkalmazhatóságáról:

A futball testkeményítő. A futball meggyújtja a harci szikrát a harcoló emberekben. Fejleszti az agresszivitást, a csapatmunkát, az állóképességet, a fizikai és szellemi koordinációt aktív terhelés alatt, és ezért kiemelt helyet foglal el nemzeti háborús kiképzési programunkban. A hadsereg különböző táboraiban és állomáshelyein, valamint a haditengerészet bázisain százával állnak fel csapatok. A sportág történetének legnagyobb részvételét 1942-ben jegyzik be a rekordokba.

A hadügyminisztérium 1942 őszén kezdte el támogatni a szervezett futballbemutatókat a katonai bázisok válogatott csapatainak részvételével, amelyek teljes programmal játszottak a regionális egyetemek megfogyatkozott csapatai ellen. Ezek az elit csapatok szerepelnek a következő listán.

Ezekből alakultak ki a katonai All-Star csapatok, amelyek főiskolai és profi ellenfelek ellen játszottak. 1942-ben az amerikai hadsereg két, egységenként körülbelül 60 játékosból álló “All-Army csapatot” nevezett ki, amelyek keleten és nyugaton helyezkedtek el. Ezeket nem hivatalosan “Millió dolláros csapatoknak” nevezték – céljuk az volt, hogy a National Football League profi csapataival vívott bemutató mérkőzések sorozatával több mint 1 millió dollárt gyűjtsenek a hadsereg vészhelyzeti segélyalapja számára. A keleti hadsereg All-Star csapatát Robert R. Neyland alezredes vezette, és 1942 szeptemberében a New York Giants, a Brooklyn Dodgers és a Chicago Bears ellen játszott mérkőzéseket. A nyugati All-Stars csapat, amelynek edzője Wallace Wade őrnagy volt a Duke Egyetemről, 1942 augusztusának végétől kezdve a Washington Redskins, a Chicago Cardinals, a Detroit Lions, a Green Bay Packers és a Giants ellen játszott mérkőzéseket. A bemutató mérkőzések végére 241 392,29 dollárt gyűjtöttek össze az alap számára.

A háború végére a különböző szolgálati csapatok edzői olyan legendák voltak, mint Bernie Bierman (Iowa Pre-Flight Seahawks), Paul Brown (Great Lakes Navy Bluejackets), Don Faurot (Iowa Pre-Flight Seahawks és Jacksonville Naval Air Station Flyers), Tony Hinkle (Great Lakes Navy Bluejackets), Jack Meagher (Iowa Pre-Flight Seahawks) és Joe Verducci (Alameda Coast Guard Sea Lions) – valamint a már említett Neyland és Wade.

Az idők azonban még Japán 1945. szeptember 2-i kapitulációjával is bizonyos mértékig bizonytalanok maradtak, mivel a szövetséges megszálló erőknek a legyőzött tengelyországokban esetleges pacifikációs hadjáratokkal kellett szembenézniük, nem is beszélve a Szovjetunióval való egyre feszültebb kapcsolatokról. Ennek eredményeként az amerikai háborús apparátus nagy része – legalábbis kezdetben – érintetlen maradt a békeidőben – beleértve számos szolgálati futballcsapatot is.

A louisianai állami vásár, amely rendszerint egy sor egyetemi futballmérkőzést szponzorált az évente megrendezett State Fair Classic keretében, a háború alatt időnként a szokásos vendéglátó iskolák nélkül találta magát, amikor azok kénytelenek voltak elhagyni a futballprogramjukat. A helyi székhelyű Barksdale Field Sky Raiders meghívást kapott a klasszikus októberi mérkőzések közül kettőre, az egyikre a Selman Army Airfield Cyclones, a másikra pedig a Lake Charles Army Airfield Flying Tigers ellen; végül a Camp Swift Dragons ugrott be a Lake Charles Army Airfield helyett. A vásár “Negro Day” mérkőzésén a Wiley College a Randolph Field Black Ramblers (a Randolph Field Ramblers afroamerikai megfelelője) ellen játszott. A Barksdale Field korábban szintén részt vett az 1934-es klasszikuson, a Texas Military College ellen.

A katonai akadémiák is erősek maradtak 1945-ig, az Army és a Navy éves mérkőzésén az 1945-ös AP Poll két legjobb csapata szerepelt, és a mérkőzést az “évszázad mérkőzésének” nyilvánították, amelyen maga Harry S. Truman elnök is részt vett. Az Army Doc Blanchardja még a Heisman-trófeát is megnyerte abban az évben.

Miután a következő évben a megszállt országokban nem ütköztek jelentős ellenállásba (kivéve néhány, elszigetelt szabotázskísérletet az Edelweiss kalózok vagy a japán ellenállók részéről), a legtöbb amerikai katonát ezután gyorsan leszerelték, és a szolgálati futballcsapatok lényegében velük együtt távoztak. Truman 1946. december 31-én adta ki a 2714-es proklamációt, amely hivatalosan is véget vetett a háborúnak.

Egy figyelemre méltó háború utáni mérkőzés (amely talán jól jellemezte, hogy a néhány megmaradt szolgálati csapat milyen mélyre zuhant az Iowa Pre-Flight varázslatos 1943-as AP Poll 2. helyezése óta) az ohiói Central State University és a Wright Field Kittyhawks között zajlott; annak ellenére, hogy a CSU 1947-ben, új négyéves intézményként az első szezonjában játszott, a CSU mégis elképesztő, 101-0 arányú győzelmet aratott.