A középkor a betegségek szempontjából az 542-es pestissel kezdődik és az 1348-as fekete halál (bubópestis) véget ér. A járványos méreteket öltő betegségek közé tartozott a lepra, a bubópestis, a himlő, a gümőkór, a rüh, a vérhas, a lépfene, a trachoma, az izzadásos betegség és a táncmánia (lásd fertőzés). A fertőző betegségekben szenvedő személyek elkülönítése először a lepra terjedése miatt merült fel. Ez a betegség a középkorban, különösen a 13. és 14. században vált komoly problémává.

A fekete halál, a pestisjárvány 1347-ben érte el Dél-Európa mediterrán kikötőit, és három év alatt végigsöpört Európán. A pestis elleni küzdelem fő módszere az ismert vagy gyanús esetek, valamint a velük kapcsolatba került személyek elkülönítése volt. Az elkülönítés időtartama kezdetben körülbelül 14 nap volt, majd fokozatosan 40 napra emelkedett. A fekete halál által felkavart közhivatalnokok a fertőző betegségek leküzdésére egészségügyi ellenőrzési rendszert hoztak létre, megfigyelőállomások, elkülönítő kórházak és fertőtlenítési eljárások alkalmazásával. A higiénia javítására tett főbb erőfeszítések közé tartozott a tiszta vízellátás, a szemét- és szennyvízelvezetés, valamint az élelmiszerellenőrzés fejlesztése. Ezek az erőfeszítések különösen fontosak voltak a városokban, ahol az emberek zsúfolt körülmények között éltek vidéki módon, sok állattal az otthonuk körül.

A középkorban számos első lépést tettek a közegészségügy területén: a városok egészségtelen körülményeinek kezelésére és a betegségek terjedésének karanténnal való korlátozására tett kísérletek; kórházak létesítése; orvosi ellátás és szociális segélyek biztosítása.