1898 júliusának végére 13 000 amerikai önkéntes és 2000 reguláris katona érkezett, hogy a spanyol-amerikai háború részeként átvegyék a Fülöp-szigetek feletti ellenőrzést a spanyoloktól. A mintegy 13 000 főt számláló Fülöp-szigeteki forradalmi hadsereggel együtt 13 000 spanyol ellen szálltak szembe Manilában. Az amerikaiak és a filippínók közös célja Spanyolország legyőzése volt, de ezt követően a filippínók függetlenséget akartak, míg az USA a Fülöp-szigeteket területként akarta. Ez a különbség elkerülhetetlenül konfliktushoz vezetett.

A manilai spanyol kormányzó felismerte, hogy a helyzete reménytelen, de a becsület kedvéért és az otthoni hadbíróság elkerülése érdekében legalább jelképes ellenállást akart tanúsítani. Attól is tartott, hogy a filippínó lázadók lemészárolják a csapatait. Az amerikaiak szintén el akarták kerülni a mészárlást, és meg akarták tagadni a lázadóktól azt a politikai legitimitást, amelyet a város elfoglalásával nyerhettek volna. Ezért titkos alkut kötöttek: a spanyolok minimális ellenállást tanúsítanak, ha az amerikaiak megígérik, hogy távol tartják a filippínókat. Augusztus 13-án, egy rövid csata után, amelyben 17 amerikai katona meghalt és 105 megsebesült, az amerikai katonák elfoglalták Manilát, és kizárták a filippínókat.

A párizsi szerződés értelmében a Fülöp-szigetek az Egyesült Államok területe lett, nem pedig független ország. Az amerikai szenátusnak még ratifikálnia kellett a szerződést, de a filippínók nem várták meg, hogy mi fog történni. Köztársaságot alapítottak Malolos fővárossal, és felkészültek arra, hogy ellenálljanak minden olyan amerikai kísérletnek, amely a szerződés érvényesítésére irányul. Miközben a katonák mindkét oldalon aggódva vártak, a szövetségesek közötti kapcsolatok megromlottak, és gyakoriak lettek a dulakodások. Csak idő kérdése volt, hogy mikor tör ki a teljes körű erőszak.

1899. február 4-én éjjel filippínó és amerikai járőrök lövéseket váltottak egymással egy vitatott falu közelében. A lövöldözés gyorsan elterjedt, és hajnalban az amerikaiak támadást indítottak. A mai napig senki sem tudja, ki adta le az első lövést, de a háború elkezdődött.

Washingtonban a szenátus február 6-án hajszál híján ratifikálta a párizsi szerződést. Miután az Egyesült Államok hivatalosan is megvásárolta Spanyolországtól a Fülöp-szigeteket, új birtokát felkelési állapotban lévőnek nyilvánította.

A Fülöp-szigeteki Felszabadító Nacionalista Hadsereg 40 000 katonával és helyi milíciával rendelkezett, de hiányzott a kiképzés, a fegyelem és a felszerelés. Szenvedtek a hozzá nem értő és tapasztalatlan vezetéstől is. Az amerikai csapatok létszáma kevesebb mint 20 000 fő volt, akiknek többsége állami önkéntes volt, akik arra számítottak, hogy most, hogy a Spanyolországgal vívott háború véget ért, hazamehetnek. Ennek ellenére az önkéntesek jól harcoltak, és február végén kiűzték a Fülöp-szigeteki hadsereget Manilából, leverve a városon belüli lázadást. Március végére elfoglalták Malolost, és egy sor éles vereséget mértek a filippínó erőkre.

A hadjárat 1899 nyarán lelassult. A kis amerikai haderő nehezen tudott a manilai bázisuktól távol működni. A betegségek és a fáradtság 60 százalékkal csökkentette egyes ezredek létszámát. Amikor beköszöntött a monszunszezon, a hadsereg politikai nyomás alá került, hogy küldjék haza az állami önkénteseket.

A kongresszus válaszul engedélyezte egy önkéntesekből álló haderő felállítását a Fülöp-szigeteki szolgálatra. Az 1898-as állami önkéntesekkel ellentétben ezeket az egységeket a szövetségi kormány szervezte. 1899 szeptemberére kezdtek megérkezni az új amerikai önkéntes ezredek, a reguláris katonák további egységeivel együtt. Az állami önkéntesek távozásával az USA-nak valamivel kevesebb mint 27 000 fős tényleges haderő maradt. A támadást sürgetve az önkéntesek megsemmisítették a nacionalista hadsereg nagy részét, a többit pedig szétszórták. A nacionalisták válaszul gerillaharcra váltottak.

A taktikaváltás a javukra vált. A rizsföldek, hegyek és dzsungelek labirintusából álló terep, amelyet csak rögös ösvények és néhány kezdetleges út szúrt át, számos előnyt biztosított a Fülöp-szigeteki gerilláknak az amerikaiakkal szemben, akik küzdöttek az ismeretlen földrajzzal és a zord éghajlattal.

A nacionalisták regionális parancsnokságokba szerveződtek át, kiegészülve egy “árnyék” kormányzattal, hogy rajtaütések, rajtaütések és meglepetésszerű támadások háborúját folytassák, amelyek célja az amerikaiak egyensúlyának fenntartása volt. A gerillák nem harcosoknak álcázták magukat, elvegyültek a civilek között, és a jótékonyság és a terror kombinációját használták a helyi lakosság támogatásának biztosítására. A nacionalisták arra törekedtek, hogy megfosszák az amerikaiak harci kedvét, és inkább politikai, mint katonai győzelmet érjenek el.

Az USA felosztotta csapatait is, regionális parancsnokságoknak adva a felelősséget egy adott terület pacifikálásáért. A csapatok több száz kisebb őrhelyet láttak el a városokban vagy azok közelében, amelyek három célt szolgáltak: megvédték a lakosságot a gerillák megfélemlítésétől, akadályozták a lakosságot abban, hogy élelemmel és újoncokkal lássa el a gerillákat, és bázist biztosítottak a kisebb egységek járőrözéseihez és a bozótosban az ellenséget kereső rajtaütésekhez. A csapatok felosztása ellátási, morális, parancsnoki és ellenőrzési problémákat okozott. A betegségek és a fáradtság azzal fenyegetett, hogy aláássa sok kis helyőrség hatékonyságát. Mindazonáltal a stratégia a gerillákat menekülésben tartotta, és megviselte harcképességüket.

McKinley elnök utasította a csapatokat, hogy “nyerjék el a Fülöp-szigetek lakóinak bizalmát, tiszteletét és csodálatát”, ezért az amerikai erők a civil társadalom helyreállításán is dolgoztak: iskolákat és utakat építettek, felújították a piacokat, javították az egészségügyi és higiéniai feltételeket, és amnesztiát ajánlottak a gerilláknak. Helyreállították a kormányzati szolgáltatásokat, és fokozatosan átadták a politikai irányítást a filippínóknak. E haladás ellenére a harcok még egy teljes évig tartottak. Az új parancsnok, Arthur MacArthur tábornok engedélyezte a bebörtönzés, a deportálás, a kivégzés és a tulajdon elkobzása és/vagy megsemmisítése nagyobb mértékű alkalmazását a gerillák megbüntetésére.

Ezek a szigorúbb intézkedések, valamint a méltányos bánásmód és a képviseleti kormányzat folyamatos ígérete végül megtörte az ellenállási mozgalom hátát. Az utolsó nagyobb forradalmi parancsnokok 1902 tavaszán megadták magukat; július 4-én pedig az Egyesült Államok hivatalosan is befejezettnek nyilvánította a felkelést.

Hivatalos jelentésében Elihu Root hadügyminiszter megállapította: “nyilvánvaló, hogy a felkelésnek véget vetettek, egyrészt azzal, hogy a háborút nyomasztóvá és reménytelenné tették, másrészt azzal, hogy vonzóvá tették a békét.”

Az 1899 és 1902 között összesen több mint 126 000 reguláris és önkéntes katona szolgált a Fülöp-szigeteken. Közülük 1000-en a csatában vagy a csatában szerzett sebesülésekben haltak meg, további 3000-en betegségben és egyéb okokból, és közel további 3000-en megsebesültek.