A houstoni város stabilizálta az épület külsejét, és a Houston Aviation Alliance tagjai a terminál megmentésén dolgoztak. 1998-ban megalakult a Houston Aeronautical Heritage Society (HAHS) nonprofit szervezet, amely elsősorban a veszélyeztetett terminálépület megmentésére jött létre. A HAHS felismerte, hogy a finanszírozást és a felújítást szakaszosan kell elvégezni, és tervet készített az épület idővel történő helyreállítására. 2003 végén a HAHS vállalkozói befejezték a terminál északi szárnyának azbeszt- és ólommentesítését. Az eltávolítási folyamat során a belső falakról eltávolították az eredeti vakolatot, érintetlenül hagyva a terminál nem teherhordó csempés függönyfalait.

A légi terminál északi szárnyát 2004 februárjában nyitották meg a nagyközönség előtt a múzeum első fázisaként. A terminál felújított északi szárnya adott otthont a múzeum gyűjteményének és ajándékboltjának, és a múzeum működési bázisaként szolgált, amíg befejeződött az adománygyűjtés és az épület többi részének felújítása.

Az épület többi részén 2008 májusában befejeződött az azbesztmentesítés, és 2009 februárjában befejeződött az átrium és a félemelet felújítása. A teljes alsó szintet eredeti állapotába állítják vissza, amint a források lehetővé teszik. A múzeum terjeszkedni fog, és elfoglalja a terminálépület teljes első emeletét, majd megkezdi a felső emeletek felújítását.

Az Amerikai Repüléstudományi & Asztronautikai Intézet (AIAA) az 1940-es légi terminálmúzeumot történelmi repüléstechnikai helyszínnek nyilvánította. Az 1940-es légi terminál az AIAA 35. repüléstechnikai helyszíne, amelyet az AIAA a klasszikus art deco repülőtéri építészet ritka példájaként ismert el. A Houston Aeronautical Heritage Society 2010 februárjában Good Brick-díjat kapott az 1940-es Légi Terminál Múzeum kiváló megőrzéséért. A Good Brick-díjakat évente ítéli oda a Greater Houston Preservation Alliance. 2008-ban a Houston Press a terminált a “repüléstörténet legjobb darabjának” nyilvánította.

2008-ban a HAHS engedélyt kapott a Hobby repülőtér területén található legrégebbi hangárra, az 1929-es Great Silver Flotta karbantartó hangárra. A szervezet ezt a hangárt fogja használni a gyűjtemény nagyobb kiállítási tárgyainak, például két szimulátornak és a HAHS repülőgép-gyűjteményének bemutatására, amely magában foglal egy 1943-as Lockheed Lodestar executive businesslinert és egy S-58 Sikorsky helikoptert, amelyet polgári nehézrepülésre szereltek fel.