Les quatre principales voies de traitement et de présentation des antigènes sont l’exogène, l’endogène, la présentation croisée et l’autophagie. Les CPA professionnelles engloutissent les antigènes et expriment le CMH de classe II et les molécules costimulatrices de manière inductible ou constitutive. Les CD matures peuvent activer les cellules Tc et Th naïves, effectrices et mémoires, tandis que les macrophages et les cellules B ne présentent l’antigène qu’aux cellules T effectrices et mémoires. La maturation des DC est déclenchée par l’engagement des PRR par des DAMPs/PAMPs plus des cytokines pro-inflammatoires. Dans la voie exogène, les antigènes extracellulaires sont internalisés par les CPA et dégradés en peptides dans les endosomes. Ces peptides sont liés au CMH de classe II et transportés à la surface de l’APC pour être reconnus par les cellules T CD4++ (généralement Th). Dans la voie endogène, les antigènes intracellulaires provenant de cellules hôtes infectées ou transformées sont dégradés en peptides par les protéasomes. Ces peptides sont liés au CMH de classe I dans le RE et transportés à la surface de la cellule cible pour être reconnus par les cellules T CD8++ (généralement CTL). La présentation croisée est l’affichage sur le CMH de classe I de peptides provenant d’antigènes extracellulaires. La présentation autophagique est la présentation sur le CMH de classe II de peptides provenant d’antigènes intracellulaires. Les molécules non classiques du CMH de classe Ib présentent les peptides aux sous-ensembles de cellules T αβ et γδ. Les protéines CD1 de type CMH présentent des antigènes à base de lipides aux sous-ensembles de cellules αβ T, γδ T et NKT.