Alle Okens skrifter er deduktive illustrationer af et antaget princip, som han, sammen med andre filosoffer fra den transcendentale skole, anså for at kunne forklare alle naturens mysterier. Ifølge ham var hovedet en gentagelse af stammen – en slags anden stamme med dens lemmer og andre vedhæng; denne sum af hans iagttagelser og sammenligninger – kun få af dem gav han nogensinde i detaljer – skal man altid huske på, når man sammenligner Okens andel i den homologiske anatomi med de fremskridt, som andre kultiverere af denne filosofiske gren af videnskaben har gjort. Ideen om analogien mellem kraniet, eller dele af kraniet, og rygsøjlen var tidligere blevet fremsat og ventileret i deres forelæsninger af Johann von Autenrieth (1772-1835) og Carl Kielmeyer (1765-1844) samt i Johann Franks (1745-1821) skrifter. Af Oken blev det hovedsageligt anvendt til illustration af Schellings mystiske system – “alt-i-alt” og “alt-i-hver del”. Fra de tidligste til de seneste af Okens skrifter om emnet er “hovedet en gentagelse af hele stammen med alle dens systemer: hjernen er rygmarven; kraniet er rygsøjlen; munden er tarmen og maven; næsen er lungerne og thorax; kæberne er lemmerne; og tænderne er kløerne eller neglene”. Johann von Spix (1781-1826) illustrerede i sin folio Cephalogenesis (1818) rigt den komparative kraniologi, men præsenterede kendsgerningerne under samme transcendentale forklædning; og Georges Cuvier (1769-1832) benyttede sig af disse Schelling-disciples ekstravagancer til at gøre hele undersøgelsen af de højere relationer mellem dele og arketypen, som Sir Richard Owen (1804-1892) kaldte “generelle homologier”, til grin.”

Den vertebrale teori om kraniet var praktisk talt forsvundet fra den anatomiske videnskab, da Cuviers arbejde nærmede sig sin afslutning. I Owens Archetype and Homologies of the Vertebrate Skeleton blev ideen ikke blot genoplivet, men for første gang udarbejdet induktivt, og teorien blev med rette formuleret som følger: “Hovedet er ikke en virtuel ækvivalent til stammen, men er kun en del, dvs. visse modificerede segmenter, af hele kroppen. Kæberne er de to første segmenters ‘hæmalbuer’; de er ikke hovedets lemmer” (s. 176).

Vagt og mærkeligt nok havde Oken imidlertid blandet ideen med sin a priori opfattelse af hovedets natur, og chancen for at tilegne sig den synes at have overvundet Goethes moralske sans – medmindre digteren i sandhed har bedraget sig selv. Den sammenlignende osteologi havde tidligt tiltrukket Goethes opmærksomhed. I 1786 udgav han i Jena sit essay Ueber den Zwischenkieferknochen des Menschen und der Thiere, hvori han påviste, at mellemkæbeknoglen fandtes hos mennesket såvel som hos brutterne. Men ikke et ord i dette essay giver den fjerneste antydning af, at han dengang havde en idé om kraniets vertebrale analogier. I 1820, i sin Morphologie, erklærede han for første gang offentligt, at han tredive år før datoen for denne publikation havde opdaget det hemmelige forhold mellem ryghvirvlerne og knoglerne i hovedet, og at han altid havde fortsat med at meditere over dette emne. De omstændigheder, under hvilke digteren i 1820 fortæller, at han blev inspireret af den oprindelige idé, er mistænkeligt analoge med dem, som Oken beskrev i 1807, og som havde den samme virkning på hans sind. I begge tilfælde blev der ved et uheld fundet et bleget kranie: hos Oken var det et hjortekranie fra en hjort i Harzen, hos Goethe var det et får, der var blevet samlet op ved Lido i Venedig.

Det må antages, at Oken som Privatdozent i Göttingen i 1806 ikke kendte noget til denne Goethes upublicerede idé eller opdagelse, og at Goethe først blev opmærksom på, at Oken havde idéen om kraniets hvirvelrelationer, da han lyttede til den indledende tale, hvori den unge professor, som digteren havde inviteret til Jena, valgte netop denne idé til sit emne. Det er utroligt, at Oken, hvis han havde overtaget ideen fra Goethe eller var klar over en foregribelse fra hans side, skulle have undladt at anerkende kilden – ikke snarere skulle han ivrigt have benyttet sig af en så passende lejlighed til at gøre en yndefuld hyldest til sin mæcenes originalitet og genialitet.

I 1832 blev Oken valgt som udenlandsk medlem af Det Kongelige Svenske Videnskabsakademi.