1964 gick W39AA, en översättare av WBGU-TV i Bowling Green, Ohio, i sändning på kanal 39. Före 1974 hade Fort Wayne varit det enda området i Indiana som inte hade tillgång till PBS-program även via kabel (det var standardpraxis för PBS att erbjuda program till kommersiella stationer på marknader utan PBS-medlemmar, men inga bevis om överföring av nätverkets program i Fort Wayne har ännu dykt upp); W39AA:s täckning begränsades i allmänhet till det omedelbara Fort Wayne-området, eftersom dess täckning inte var tillräckligt stark för att täcka hela marknaden. Denna lågstarka repeaterstation var bara en platshållare, eftersom kanal 39 tilldelades som en fullstark utbildningskanal i Fort Wayne. I början av 1980-talet blev stationen en översättare av Indianapolis PBS-station WFYI.

Den 12 mars 1985 beviljades en lokal offentlig tv-grupp kanal 39-platsen av FCC och licensierade stationen under beteckningen WFWA. WFWA gick i sändning den 5 december 1986 och gav nordöstra Indiana en egen PBS-station för första gången någonsin.

Under 2003 blev WFWA den första TV-stationen på Fort Wayne-marknaden som sände en digital signal, och sände ursprungligen den nationella PBS HDTV-sändningen på en separat underkanal från den ordinarie programutbudet; finansieringsproblem skulle senare leda till att den nationella HD-sändningen drogs tillbaka, så att all programutbudet var i standarddefinition under flera år. Det tillkännagavs att WFWA:s huvudkanal 39.1 skulle sända i HD på heltid någon gång under sommaren 2010. Under en löftespaus sommaren 2010 meddelade generaldirektör Bruce Haines att förändringen skulle ske den 4 juli 2010 kl. 19.30. På grund av framsteg inom videokomprimering kunde stationen uppgradera sin huvudkanal till HD utan att offra videokvaliteten i de andra tre SD-underkanalerna.

I maj 2013 meddelade stationen att den skulle genomföra en insamling för att uppgradera infrastrukturen under de kommande tre åren, bland annat genom att förstärka signalen, köpa in utrustning för produktion på distans och förbättra stationens huvudkontroll.