Domäner är distinkta funktionella och/eller strukturella enheter i ett protein. Vanligtvis ansvarar de för en viss funktion eller interaktion och bidrar till ett proteins övergripande roll. Domäner kan finnas i en mängd olika biologiska sammanhang, där liknande domäner kan hittas i proteiner med olika funktioner.

Till exempel är Src homology 3-domäner (SH3-domäner) små domäner med cirka 50 aminosyrarester som är involverade i protein-proteininteraktioner. SH3-domäner har en karakteristisk 3D-struktur (figur 4). De förekommer i en mängd olika proteiner med olika funktioner, bland annat adaptorproteiner, fosfatidylinositol 3-kinaser, fosfolipaser och myosiner.

Ett exempel på ett protein som innehåller flera SH3-domäner är det cytoplasmatiska proteinet Nck. Nck tillhör adaptorfamiljen av proteiner och är involverad i överföringen av signaler från tillväxtfaktorreceptortyrosinkinaser till nedströms signalmottagare. Ncks domänsammansättning illustreras i figur 5.

Som vi just har sett med Nck kan proteiner bestå av flera domäner. Ofta har de enskilda domänerna specifika funktioner, t.ex. att binda en viss molekyl eller katalysera en viss reaktion, och tillsammans bidrar dessa till proteinets övergripande roll (se t.ex. domänsammansättningen hos enzymet fosfolipas D1 i figur 6 nedan).

Proteinet innehåller en PX-domän (phox) som är involverad i att binda fosfatidylinositol, en PH-domän (pleckstrin homology) som har en roll i att rikta enzymet till särskilda platser i cellen och två PLD-domäner (fosfolipas D) som ansvarar för proteinets katalytiska aktivitet.