Med avseende på sjukdomar kan man säga att medeltiden börjar med pesten år 542 och slutar med den svarta döden (böldpest) år 1348. Sjukdomar i epidemiska proportioner var bland annat spetälska, böldpest, smittkoppor, tuberkulos, skabb, erysipelas, mjältbrand, trakom, svettningssjuka och dansmani (se infektion). Isolering av personer med smittsamma sjukdomar uppstod först som ett svar på spridningen av spetälska. Denna sjukdom blev ett allvarligt problem under medeltiden och särskilt under 1200- och 1300-talen.

Den svarta döden, ett utbrott av pest, nådde Medelhavshamnarna i Sydeuropa 1347 och svepte på tre år över hela Europa. Den främsta metoden för att bekämpa pesten var att isolera kända eller misstänkta fall samt personer som hade varit i kontakt med dem. Isoleringsperioden var till en början cirka 14 dagar och ökades gradvis till 40 dagar. Upprörda av den svarta döden skapade offentliga tjänstemän ett system för sanitär kontroll för att bekämpa smittsamma sjukdomar, med hjälp av observationsstationer, isoleringssjukhus och desinfektionsförfaranden. Viktiga insatser för att förbättra saniteten omfattade utveckling av ren vattenförsörjning, sophantering och avloppshantering samt livsmedelsinspektion. Dessa insatser var särskilt viktiga i städerna, där människor levde trångt på landsbygden med många djur runt sina hem.

Under medeltiden togs ett antal första steg inom folkhälsan: försök att hantera städernas ohygieniska förhållanden och genom karantän begränsa sjukdomsspridningen, inrättande av sjukhus och tillhandahållande av medicinsk vård och social hjälp.