År 1988 framträdde Brennaman och Nuxhall inför National League-ordföranden Bart Giamatti på NL-kontoret i New York City med anledning av anklagelser om att Brennaman uppviglat publiken till att orsaka en försening av matchen efter ett bråk mellan Reds manager Pete Rose och domaren Dave Pallone. Efter att Rose kastades ut från matchen och Brennaman kritiserade Pallone under den direktsända radiosändningen, ströde fansen skräp på planen, vilket ledde till att matchen försenades. Brennaman hade följande att säga om incidenten:

”Jag vidhåller fortfarande att vi hade rätt”, sade Brennaman. ”Jag kommer aldrig att be om ursäkt för det. De anklagade oss för att ha uppviglat till upplopp. Jag tror inte att vi gjorde det då och jag tror inte att vi gjorde det nu.”

Den 12 juni 2007 bad Brennaman om ursäkt i sändning i Cincinnati Reds Radio Network för en kommentar som han nyligen hade gjort där han jämförde en kommande bilresa med Bataans dödsmarsch. Reds, som då hade det sämsta resultatet i National League, skulle möta Oakland Athletics, Seattle Mariners och Philadelphia Phillies under resan.

Den 17 april 2008, under början av den åttonde inningen i en match mellan Chicago Cubs och Cincinnati Reds på Wrigley Field i Chicago, kommenterade Brennaman Cubs-fansen och Cubs-laget. Detta skedde efter att den dåvarande Reds-spelaren Adam Dunn hade slagit en homerun. Cubs-fans brukar kasta tillbaka motståndarspelarens boll på planen. I det här fallet var planen översållad med flera bollar som fans kastat in på planen, vilket resulterade i att matchen försenades medan spelplanen fick samla ihop skräpet. Brennamans uttalanden sändes i Reds Radio Network:s sändning av matchen.

”Det här är den sortens saker, helt ärligt, just nu, som gör att man vill se Chicago Cubs lag förlora. Bland alla baseballfans, och jag kan inte intyga om Yankees eller Red Sox, eftersom vi inte ser dem med någon grad av regelbundenhet om det inte är interleague-spel, men de överlägset mest avskyvärda fansen i baseball, i den här ligan, är de som följer det här laget just här. Att kasta 15 eller 18 bollar på planen, det finns absolut ingen ursäkt för det, och det är så typiskt för Chicago Cubs-fansen. Det är otroligt.”
”Man hejar helt enkelt på dem. Du vet, jag har sagt att de hela vintern pratat om att det här laget skulle vinna divisionen, och min kommentar är att de inte kommer att vinna den, för i slutändan är de fortfarande Chicago Cubs, och de kommer att komma på ett sätt att sabba det hela.”

Den 18 april 2008 medverkade Brennaman i en intervju på Chicagos sportradiostation WMVP-AM 1000, där han förstärkte sin ståndpunkt om Cubs-fansen och jämförde Chicago Cubs-fansen med rivaliserande St. Louis Cardinals-fans.

”Om de inte kan förstå att det som hände i onsdags kväll var helt överdrivet, då är jag ledsen”, sade Brennaman. ”Jag sa hur svårt det är att hålla på Cubs. Jag tror att många människor känner på samma sätt som jag, men de vill inte uttrycka det. Jag är inte rädd för att säga vad jag tycker.”
” Cardinals-fansen är utan tvekan de bästa i baseball. De respekterar spelet. De går inte till matchen för att göra dumma saker.”
”Cubs har fantastiska baseballfans. Men de som beter sig som idioter (förstör) det för folk som jag.”

Den 5 februari 2010 fick Brennaman kritik för att han kommenterade att Marshall Universitys president måste vara ”queer” för softball vid universitetets basebollbankett och insamling. Brennaman förklarade: ”Jag kunde förmodligen ha gjort ett bättre ordval, men det återspeglar inte på något sätt min åsikt om homosexuella överhuvudtaget. Det är bara en kommentar jag gjorde om universitetets president”

.