Martin Waldseemüller föddes i Radolfzell vid Bodensee och blev student vid universitetet i Freiburg 1490. Mycket av Waldseemüllers tidiga liv är oklart. Han framträder först i ljuset som medlem av den grupp humanistiska forskare och geografer som blomstrade vid hertig René II av Lothringens hov och som påverkade det senare 1500-talets tyska intresse för geografi. Nyheten om upptäckterna i Nya världen spreds snabbt till det transalpina Europa, och Alsace och Lorraine blev snart viktiga centra för intresse och studier av upptäckterna och deras konsekvenser.

När kopior av Amerigo Vespuccis brev anlände till hovet väckte de ett ännu större intresse för Nya världen, och 1507 publicerade Waldseemüller en volym med titeln Cosmographiae introductio, som innehöll en beskrivning av Nya världen samt en översättning av Vespuccis brev. Waldseemüller (som då inte hade hört talas om Christofer Columbus) föreslog att de nya länderna skulle kallas Amerika, efter Vespucci. Även om Waldseemüller senare föreslog en revidering när han blev medveten om Columbus roll i upptäckterna, hade hans ursprungliga förslag blivit alltför populärt. Amerika förblev den vanliga beteckningen för de nya kontinenterna, och Waldseemüller behöll smeknamnet ”Amerikas gudfader.”

Också år 1507 publicerade Waldseemüller ett annat verk som skulle få ett enormt inflytande på den senare kartografin, hans stora världskarta. Denna träsnittskarta, som graverades på 12 block, blev ett av de tidigaste exemplen på humanisternas intresse för kartografin av Nya världen. Samma år konstruerade Waldseemüller också en jordglob. Under de följande 30 åren var dessa de vanligaste exemplen i sitt slag. År 1511 gjorde Waldseemüller en storskalig karta över Europa och 1513 gjorde han nya kartor för den stora Strassburgutgåvan av Ptolemaios verk.

J. H. Parry karakteriserade Waldseemüllers arbete på följande sätt: han var ”en viktig övergångsfigur i kartografins historia. Han var inte en originell vetenskapsman, utan en encyklopedisk och intelligent uttolkare. Hans kartor, hans jordglob och hans Cosmographiae introductio utgör en imponerande samling av gammal och ny geografi som i viss mån föregrep Mercators lika populära och ännu mer fruktbara arbete”. Waldseemüller var också ett exempel på en intellektuell typ vars arbete under 1500- och 1600-talen skulle bidra till populariseringen av den avsevärda kunskapsmassa om världen och människan som måste spridas, absorberas och användas av en allt större allmänhet.