Under andra världskriget expanderade den amerikanska militären snabbt sitt system av militärbaser i takt med att antalet unga män sköt i höjden genom värvning och värnplikt. Många av dessa inkluderade före detta collegestjärnor och professionella stjärnor från fotbollsgrillen. Omkring 19 aktiva eller före detta spelare i National Football League skulle slutligen dö i den amerikanska krigsansträngningen, utöver ett oräkneligt antal före detta collegespelare.

Tidigt under krigsansträngningen sade en fotbollsförfattare om tillämpligheten av att bilda fotbollslag med militär träning:

Fotboll är en kroppshärdare. Fotboll tänder den kämpande gnistan hos kämpande män. Den utvecklar aggressivitet, lagarbete, uthållighet, fysisk och mental koordination under aktiv stress, och därför har den en framskjuten plats i vårt nationella krigsträningsprogram. Hundratals lag är i formation vid olika läger och stationer inom armén och vid flottans baser. Det största deltagandet i sportens historia kommer att skrivas in i 1942 års register.

Med början hösten 1942 började krigsdepartementet främja organiserade fotbollsutställningar med utvalda lag från sina militärbaser som spelade fulla spelscheman mot utarmade trupper från regionala universitet. Dessa elitlag finns med i följande förteckning.

Dessa grupper var ytterligare indelade i militära All-Star-lag som spelade mot kollegiala och professionella motståndare. År 1942 utsåg den amerikanska armén två ”All-Army-lag” med cirka 60 spelare per enhet, belägna i öst och väst. De kallades informellt för ”Million Dollar Teams”, vars syfte var att samla in över en miljon dollar till arméns nödhjälpsfond genom en serie uppvisningsmatcher mot proffslagen i National Football League. Eastern Army All-Star-laget leddes av överstelöjtnant Robert R. Neyland och spelade i september 1942 mot New York Giants, Brooklyn Dodgers och Chicago Bears. Western All-Stars, som tränades av major Wallace Wade från Duke University, spelade från slutet av augusti 1942 mot Washington Redskins, Chicago Cardinals, Detroit Lions, Green Bay Packers och Giants. Vid slutet av uppvisningsmatcherna hade man samlat in 241 392,29 dollar till fonden.

När kriget var slut hade olika servicelag tränats av legender som Bernie Bierman (Iowa Pre-Flight Seahawks), Paul Brown (Great Lakes Navy Bluejackets), Don Faurot (Iowa Pre-Flight Seahawks och Jacksonville Naval Air Station Flyers), Tony Hinkle (Great Lakes Navy Bluejackets), Jack Meagher (Iowa Pre-Flight Seahawks) och Joe Verducci (Alameda Coast Guard Sea Lions) – liksom de tidigare nämnda Neyland och Wade.

Även när Japan kapitulerade den 2 september 1945 förblev dock tiderna fortfarande i viss mån osäkra med de allierade ockupationsstyrkorna som stod inför eventuella pacificeringskampanjer i de besegrade axelländerna, för att inte tala om de alltmer ansträngda relationerna med Sovjetunionen. Därför förblev en stor del av den amerikanska krigsapparaten intakt, åtminstone inledningsvis, under fredstid – inklusive många fotbollslag i tjänst.

Lousiana State Fair, som normalt sponsrade en serie fotbollsmatcher för collegefotboll som en del av sin årliga State Fair Classic, befann sig utan sina ordinarie värdskolor vid vissa tillfällen under kriget när de tvingades att lägga ner sina fotbollsprogram. Det lokalt baserade Barksdale Field Sky Raiders bjöds in att spela i två av klassikerns oktobermatcher, en mot Selman Army Airfield Cyclones och en mot Lake Charles Army Airfield Flying Tigers; Camp Swift Dragons fick ersätta Lake Charles Army Airfield. I mässans ”Negro Day”-match mötte Wiley College Randolph Field Black Ramblers (den afroamerikanska motsvarigheten till Randolph Field Ramblers). Barksdale Field hade också tidigare deltagit i klassikern 1934, mot Texas Military College.

Även militärhögskolorna förblev starka fram till 1945, med arméns och flottans årliga match med de två bästa lagen i AP Poll 1945 och matchen förklarades som ”århundradets match”, med president Harry S. Truman själv närvarande. Arméns Doc Blanchard vann till och med Heisman Trophy det året.

Efter att inte ha stött på något större motstånd i de ockuperade länderna under det följande året (med undantag för några få, isolerade sabotageförsök av Edelweiss-pirater eller japanska motståndare), blev de flesta amerikanska soldater snabbt avskedade, och fotbollslagen inom de olika staterna följde med dem. Truman utfärdade kungörelse 2714 som formellt avslutade kriget den 31 december 1946.

En anmärkningsvärd efterkrigsmatch (som kan ha varit typiskt för hur långt de få kvarvarande tjänstgöringslagen hade sjunkit sedan Iowa Pre-Flights magiska resa på plats 2 i 1943 års AP Poll) ställde Central State University i Ohio mot Wright Field Kittyhawks; trots att det var CSU:s första säsong som ny fyraårig institution 1947, vann CSU ändå matchen med det häpnadsväckande resultatet 101-0.