Johnson sägs ha fötts med efternamnet Garrison, i området kring Hickory Tavern mellan Pattenburg och Little York, nära gränsen till vad som idag är Alexandria och Union Townships i Hunterdon County, New Jersey. Under det mexikansk-amerikanska kriget tjänstgjorde han ombord på ett stridsfartyg, efter att ha anmält sig under falsk ålder. Efter att ha slagit en officer deserterade han, bytte namn till John Johnston och reste västerut för att försöka sig på guldgrävning i Alder Gulch, Montana Territory. Han blev också ”woodhawk” och levererade ved till ångbåtar. Han beskrevs som en stor man, som stod omkring 1,88 m i strumpfötter (men se nedan) och vägde i storleksordningen 120 kg med nästan inget kroppsfett.

Rykten, legender och lägereldssagor om Johnson finns i överflöd. Den kanske främsta av dem är att hans hustru, en medlem av den amerikanska indianstammen Flathead, år 1847 dödades av en ung Crow-man och hans jaktkamrater, vilket fick Johnson att inleda en vendetta mot stammen. Enligt historikern Andrew Mehane Southerland ska han ha dödat och skalperat mer än 300 Crow-indianer och sedan slukat deras lever” för att hämnas sin frus död, och ”i takt med att hans rykte och samling av skalper växte blev Johnson ett föremål för rädsla.”

Räkenskaperna säger att han skulle ha skurit ut och ätit levern av varje dödad Crow. Detta ledde till att han blev känd som ”Liver-Eating Johnson”. Att äta lever var en förolämpning mot kråkan eftersom kråkan trodde att levern var livsviktig om man skulle gå vidare till livet efter döden. Historien om hur han fick sitt namn skrevs av en dagboksförfattare på den tiden. Det fanns redan två andra Johnsons med smeknamn, ”Pear-Loving Johnson” och ”Long Toes Johnson”.

En berättelse som tillskrivs Johnson (medan andra källor tillskriver den Boone Helm) är att när han var på ett strövtåg på över 800 km mitt i vintern för att sälja whisky till sina Flathead-släktingar hamnade han i ett bakhåll av en grupp Blackfoot-krigare. Blackfoot-krigarna planerade att sälja honom till Crow, hans dödliga fiender, för ett bra pris. Han kläddes av till midjan, bands med läderremmar och sattes i en tältkåta med endast en mycket oerfaren vakt. Johnson lyckades bryta sig igenom banden. Han slog sedan ut sin unga vakt med en spark, tog hans kniv, skalperade honom och högg sedan snabbt av ett av hans ben. Han flydde in i skogen och överlevde genom att äta Blackfoot-benet, tills han nådde stugan hos Del Gue, hans fällaktpartner, en resa på cirka 320 km.

Tids nog slöt Johnson fred med kråkfolket, som blev ”hans bröder”, och hans personliga vendetta mot dem upphörde äntligen efter 25 år och mängder av dödade kråkkrigare. Västvärlden var dock fortfarande en mycket våldsam och territoriell plats, särskilt under plainindianernas krig i mitten av 1800-talet. Många fler indianer av olika stammar, särskilt men inte begränsat till siouxerna och svartfötterna, skulle få känna på ”Dapiek Absaroka” Crow-mördarens och hans bergsmänniskors vrede.

Stugan som beboddes av Johnson på 1880-talet i Montana, flyttad till Red Lodge, Montana och utställd på turistbyrån

Johnson anslöt sig till kompani H, 2:a Colorado-kavalleriet, i unionsarmén i St Louis 1864 som menig och blev hedersamt avskedad året därpå. Under 1880-talet utsågs han till biträdande sheriff i Coulson, Montana, och till stadsmarskalk i Red Lodge, Montana. Han angavs vara 1,82 meter lång enligt statliga register.

Under sin tid var han sjöman, scout, soldat, guldsökare, jägare, fångstman, whiskeyförsäljare, guide, vicesheriff, konstapel och timmerstugebyggare och utnyttjade alla källor till inkomstbringande arbetskraft som han kunde hitta.

Hans sista hemvist var i ett veteranboende i Santa Monica, Kalifornien. Han var där i exakt en månad innan han dog den 21 januari 1900. Hans kropp begravdes på en veterankyrkogård i Los Angeles. Efter en sex månader lång kampanj ledd av 25 elever i sjunde klass och deras lärare flyttades dock Johnsons kvarlevor till Cody, Wyoming, i juni 1974.