Den 11 november 1988 undersökte polisen hur hyresgästen Alberto Montoya, en utvecklingsstörd man med schizofreni vars socialarbetare hade anmält honom som försvunnen, hade försvunnit. Efter att ha lagt märke till störd jord på fastigheten upptäckte polisen kroppen av hyresgästen Leona Carpenter, 78 år. Sju kroppar hittades slutligen begravda på fastigheten.

Puente anklagades för sammanlagt nio mord: Puentes pojkvän, Everson Gillmouth, 77, och åtta hyresgäster som bodde på pensionatet: Ruth Munroe, 61, Leona Carpenter, 78, Alvaro ”Bert/Alberto” Gonzales Montoya, 51, Dorothy Miller, 64, Benjamin Fink, 55, James Gallop, 62, Vera Faye Martin, 64 och Betty Palmer, 78.

Under den inledande utredningen var Puente inte omedelbart misstänkt, och hon fick lämna fastigheten, förmodligen för att köpa en kopp kaffe på ett närliggande hotell. Efter att ha köpt kaffet flydde hon i stället omedelbart till Los Angeles, där hon blev vän med en äldre pensionär som hon hade träffat i en bar. Pensionären kände dock igen henne från polisrapporter på TV och ringde myndigheterna.

Puentes rättegång flyttades till Monterey County, Kalifornien, efter att hennes advokater, Kevin Clymo och Peter Vlautin III, hade lämnat in en begäran om byte av ort. Rättegången inleddes i oktober 1992 och avslutades ett år senare. Åklagaren, John O’Mara, var chef för mordroteln vid distriktsåklagaren i Sacramento County.

O’Mara kallade över 130 vittnen; han argumenterade för juryn att Puente hade använt sömntabletter för att söva sina hyresgäster, sedan kvävt dem och anlitat straffångar för att gräva hålen på hennes gård. Clymo avslutade sin slutplädering med att visa en bild som ofta används inom psykologin och som kan ses på olika sätt och sa ”Kom ihåg att saker och ting inte alltid är som de verkar”. Juryn överlade i över en månad och fann slutligen Puente skyldig till tre mord. Juryn hade en dödläge på 11 mot 1 för fällande dom på alla åtalspunkter, och den enda som höll emot gick till slut med på en fällande dom på två åtalspunkter för mord av första graden, inklusive särskilda omständigheter, och ett åtalspunkt för mord av andra graden. Åklagarens strafffas lyftes fram av hennes tidigare fällande domar som presenterades av O’Mara.

Det försvaret kallade flera vittnen som visade att Puente hade en generös och omtänksam sida hos henne. Vittnen, däribland hennes sedan länge försvunna dotter, vittnade om hur Puente hade hjälpt dem i deras ungdom och väglett dem till framgångsrika karriärer. Experter på psykisk hälsa vittnade om Puentes missbrukande uppväxt och hur det motiverade henne att hjälpa de mindre lyckligt lottade. Samtidigt höll de med om att hon hade en ond sida som framkallades av stressen att ta hand om sina nedgångna hyresgäster.

O’Maras slutplädering fokuserade på Puentes mordhandlingar:

Har någon blivit ansvarig för sitt beteende i den här världen? … Dessa människor var människor, de hade rätt att leva – de hade inte många ägodelar – inga hus – inga bilar – bara sina socialförsäkringscheckar och sina liv. Hon tog allt… Döden är det enda lämpliga straffet.

Clymo svarade med att frammana Dorothea som barn och vårdare. Peter Vlautin vände sig till jurymedlemmarna i en konfidentiell ton, som kontrast till O’Maras skrikande:

Vi är här i dag för att avgöra en sak: Vilket värde har Dorothea Puentes liv? Det är frågan. Måste hon dödas?” Vlautin talade försiktigt om Puentes barndom och berörde de traumatiska aspekter som formade hennes liv och uppmanade jurymedlemmarna att se världen genom hennes ögon. ”Ni har hört talas om den förtvivlan som låg till grund för hennes liv, ilskan och förbittringen … Om någon i juryrummet säger till er att det inte var så illa, fråga dem om ni skulle vilja att det hände er själv? Skulle du vilja att det skulle hända dina barn? … Jag har fått för mig att tro att om det finns någon anledning för oss att leva här på jorden så är det för att på något sätt öka varandras mänsklighet, för att älska, för att beröra varandra med vänlighet, för att veta att du har fått bara en person att andas lättare för att du har levt. Jag vill säga er, mina damer och herrar, att det är därför dessa människor kom för att vittna för Dorothea Puente … Jag tror att ni bara kan förstå varför så många människor vittnade och bad er att skona Dorotheas liv om ni någonsin har fallit och snubblat på livets väg och någon har lyft upp er, gett er tröst, gett er kärlek och visat er vägen. Då kommer ni att förstå varför dessa människor anser att Dorotheas liv är värt att rädda. Det är förmildrande. Det är en mänsklig egenskap som förtjänar att bevaras. Det är en flamma av mänsklighet som har brunnit inom Dorothea sedan hon var ung … Det är skälet till att ge Dorothea Puente livstid utan möjlighet till villkorlig frigivning.