I slutet av juli 1898 anlände 13 000 amerikanska frivilliga och 2 000 reguljära trupper för att ta kontroll över Filippinerna från spanjorerna som en del av det spansk-amerikanska kriget. Tillsammans med den filippinska revolutionsarmén, som uppgick till cirka 13 000 personer, ställdes de mot 13 000 spanjorer i Manila. Amerikanerna och filippinerna hade det gemensamma målet att besegra Spanien, men efteråt ville filippinerna ha självständighet, medan USA ville ha Filippinerna som ett territorium. Det var en skillnad som oundvikligen skulle leda till konflikt.

Den spanske guvernören i Manila insåg att hans situation var hopplös men ville göra åtminstone symboliskt motstånd för hederns skull och för att undvika att hamna inför krigsrätt i hemlandet. Han fruktade också att filippinska rebeller skulle massakrera hans trupper. Amerikanerna ville också undvika en massaker och förneka rebellerna den politiska legitimitet som de skulle få genom att inta staden. Så de slöt en hemlig överenskommelse: spanjorerna skulle erbjuda minimalt motstånd om amerikanerna lovade att hålla filippinerna borta. Den 13 augusti, efter en kort strid där 17 amerikanska soldater dödades och 105 sårades, ockuperade amerikanska soldater Manila och stängde ut filippinerna.

I enlighet med villkoren i Parisfördraget blev Filippinerna ett område som tillhörde Förenta staterna, inte ett självständigt land. Den amerikanska senaten behövde fortfarande ratificera fördraget, men filippinerna väntade inte på vad som skulle hända. De upprättade en republik med huvudstad i Malolos och förberedde sig på att stå emot varje amerikanskt försök att hävda fördraget. Medan soldater på båda sidor väntade oroligt försämrades relationerna mellan de allierade och slagsmål blev vanliga. Det var bara en tidsfråga innan fullskaligt våld bröt ut.

Natten till den 4 februari 1899 utbytte filippinska och amerikanska patruller skott nära en omtvistad by. Skottlossningen spred sig snabbt och i gryningen inledde amerikanerna en attack. Än idag vet ingen vem som avlossade det första skottet, men kriget var igång.

I Washington ratificerade senaten med knapp marginal Parisfördraget den 6 februari. Efter att formellt ha köpt Filippinerna från Spanien förklarade USA att dess nya besittning befann sig i ett upprorstillstånd.

Filippinernas nationalistiska befrielsearmé hade 40 000 soldater plus lokal milis, men saknade utbildning, disciplin och utrustning. De led också av inkompetenta och oerfarna ledare. De amerikanska trupperna uppgick till mindre än 20 000 man, varav de flesta var statliga frivilliga som förväntade sig att få åka hem nu när kriget mot Spanien var slut. Trots detta kämpade de frivilliga bra och i slutet av februari hade de fördrivit den filippinska armén från Manila efter att ha krossat en revolt i själva staden. I slutet av mars hade de intagit Malolos och tillfogat de filippinska styrkorna en rad skarpa nederlag.

Fälttåget avtog under sommaren 1899. Den lilla amerikanska styrkan hade svårt att operera långt från sin bas i Manila. Sjukdomar och trötthet reducerade vissa regementen med 60 procent. När monsunsäsongen slog till kom armén under politisk press att skicka hem de statliga frivilliga.

Kongressen svarade med att godkänna en styrka av frivilliga för filippinsk tjänstgöring. Till skillnad från de statliga frivilliga från 1898 organiserades dessa enheter av den federala regeringen. I september 1899 började de nya amerikanska frivilligregementena, tillsammans med ytterligare enheter av reguljära soldater, anlända. När de delstatliga frivilliga hade lämnat landet kvarstod USA med en effektiv styrka på knappt 27 000 man. De frivilliga pressade anfallet och förintade en stor del av den nationalistiska armén, medan resten skingrades. Nationalisterna svarade med att övergå till gerillakrigföring.

Förändringen av taktik fungerade till deras fördel. Terrängen, som bestod av en labyrint av risfält, berg och djungel som endast genomborrades av grova stigar och några få primitiva vägar, gav den filippinska gerillan många fördelar jämfört med amerikanerna, som kämpade med den okända geografin och det hårda klimatet.

Nationalisterna omorganiserade sig i regionala kommandon, komplett med en ”skuggregering”, för att föra ett krig med bakhåll, räder och överraskningsattacker som syftade till att hålla amerikanerna ur balans. Guerillorna förklädde sig som icke-krigare, blandade sig med civila och använde en kombination av välgörenhet och terror för att försäkra sig om lokalbefolkningens stöd. Nationalisterna försökte tära på den amerikanska stridsviljan och uppnå en politisk, snarare än militär, seger.

USA delade också upp sina trupper och gav regionala kommandon ansvaret för att pacificera ett visst område. Trupperna bemannade hundratals små poster i eller i närheten av städer som tjänade tre syften: att skydda befolkningen från skrämselpropaganda från gerillan, att störa befolkningens förmåga att förse gerillan med mat och rekryter och att tillhandahålla baser för patruller och räder i bushen med små enheter i jakt på fienden. Att dela upp trupperna orsakade problem med försörjning, moral, befäl och kontroll. Sjukdomar och trötthet hotade att underminera effektiviteten hos många små garnisoner. Icke desto mindre höll strategin gerillan på flykt och minskade deras förmåga att slåss.

President McKinley beordrade trupperna att ”vinna Filippinernas invånares förtroende, respekt och beundran”, så de amerikanska styrkorna arbetade också för att återupprätta det civila samhället genom att bygga skolor och vägar, renovera marknader, förbättra hälsovård och sanitära förhållanden och erbjuda amnesti till gerillasoldater. De återställde de statliga tjänsterna och överförde gradvis den politiska kontrollen till filippinerna. Trots dessa framsteg pågick striderna ytterligare ett helt år. Den nya befälhavaren, general Arthur MacArthur, tillät ökad användning av fängelse, deportation, avrättning och konfiskering och/eller förstörelse av egendom för att straffa gerillan.

Dessa strängare åtgärder, tillsammans med det fortsatta löftet om rättvis behandling och ett representativt styre, knäckte till slut motståndsrörelsens rygg. De sista stora revolutionära befälhavarna kapitulerade våren 1902, och den 4 juli förklarade USA officiellt att upproret var över.

I sin officiella rapport drog krigsminister Elihu Root följande slutsats: ”Det är uppenbart att upproret har avslutats både genom att å ena sidan göra ett krig beklämmande och hopplöst och å andra sidan genom att göra freden attraktiv.”

I slutändan tjänstgjorde mer än 126 000 reguljära och frivilliga soldater i Filippinerna mellan 1899 och 1902. Av dessa dog 1 000 i strid eller av sår som de fått i strid, ytterligare 3 000 dog av sjukdomar och andra orsaker och nästan ytterligare 3 000 sårades.