Huston stad stabiliserade byggnadens utsida och medlemmar av Houston Aviation Alliance arbetade för att rädda terminalen. År 1998 bildades Houston Aeronautical Heritage Society (HAHS), en ideell organisation, främst för att rädda den hotade terminalbyggnaden. HAHS insåg att finansiering och renovering måste ske i etapper och skapade en plan för att restaurera byggnaden med tiden. I slutet av 2003 slutförde HAHS:s entreprenörer asbest- och blysaneringen av terminalens norra flygel. I samband med saneringen avlägsnades den ursprungliga putsen från innerväggarna, men terminalens icke-bärande kakelgardinväggar förblev intakta.

Flygterminalens norra flygel öppnades för allmänheten i februari 2004 som den första fasen av museet. Den restaurerade norra flygeln av terminalen inrymde museets samling och presentbutik och fungerade som museets bas för verksamheten medan man slutförde insamling av medel och restaurering av resten av byggnaden.

Resten av byggnaden avslutade asbestsaneringen i maj 2008 och avslutade återuppbyggnaden av atrium och mezzanin i februari 2009. Hela den nedre våningen kommer att återställas till sitt ursprungliga skick när medel finns tillgängliga. Museet kommer att sprida ut sig och ta hela första våningen i terminalbyggnaden i anspråk och därefter påbörja renoveringen av de övre våningarna.

American Institute of Aeronautics & Astronautics (AIAA) har utnämnt 1940 Air Terminal Museum till en historisk luft- och rymdplats. Flygterminalen från 1940 är AIAA:s 35:e plats för luft- och rymdteknik som erkänns som ett sällsynt exempel på klassisk flygplatsarkitektur i Art Deco-stil. I februari 2010 fick Houston Aeronautical Heritage Society en Good Brick Award för utmärkt bevarande av 1940 Air Terminal Museum. Good Brick Awards delas ut årligen av Greater Houston Preservation Alliance. År 2008 förklarade Houston Press terminalen som ”Best Piece of Aviation History”.

2008 beviljades HAHS en licens för den äldsta hangaren på Hobby Airports område, en Great Silver Fleet Maintenance Hangar från 1929. Organisationen kommer att använda denna hangar för att visa större utställningar från samlingen, t.ex. två simulatorer, och HAHS:s flygplansamling, som omfattar en Lockheed Lodestar executive businessliner från 1943 och en S-58 Sikorsky-helikopter som var utrustad för civila tunga lyft.