Flodhästarnas härstamning är något av en gåta. Under lång tid trodde paleontologerna att dessa halvt vattenlevande djur, med sin ovanliga morfologi (hörntänder och framtänder med kontinuerlig tillväxt, primitiv skalle och trifoliat tandslitningsmönster), var besläktade med Suidae-familjen, som inkluderar grisar och pekarhundar. Men på 1990- och 2000-talen visade DNA-jämförelser att flodhästens närmaste levande släktingar var valar (valar, delfiner etc.), vilket inte stämde överens med de flesta paleontologiska tolkningar. Dessutom hindrade bristen på fossil avsevärt försöken att avslöja sanningen om flodhästens evolution.

Nytt paleontologiskt arbete utfört av en grupp franska och kenyanska forskare har nu avslöjat att flodhästar inte är besläktade med suoiderna utan istället härstammar från en annan, numera utdöd, grupp. De nya fossil som studerats har gjort det möjligt att bygga upp det första evolutionära scenariot som är förenligt med både genetiska och paleontologiska data. Genom att analysera en halvkäke och flera tänder som upptäcktes i Lokone (i Turkana-sjöns avrinningsområde, Kenya) beskrev det fransk-kenyanska teamet en ny fossilart (tillhörande ett nytt släkte (2)), som dateras till cirka 28 miljoner år. De gav den namnet Epirigenys lokonensis, från ordet ”Epiri” som betyder flodhäst på turkanaspråket och platsen för upptäckten, Lokone.

Genom att jämföra egenskaperna hos de fossila tänderna med egenskaperna hos idisslare, suoider, flodhästar och fossila anthracotheres (en utdöd familj av hovdjur) rekonstruerade forskarna förhållandet mellan dessa grupper. Resultaten visar att Epirigenys utgör ett slags evolutionär övergång mellan den äldsta kända flodhästen i fossilregistret (för cirka 20 miljoner år sedan) och en antracothersläkt. Denna position i livets träd är förenlig med de genetiska uppgifterna, vilket bekräftar att valarna är flodhästarnas närmaste levande kusiner.

Denna typ av upptäckt kan en dag göra det möjligt för forskarna att teckna en bild av valarnas och flodhästarnas gemensamma förfader. Analysen av Epirigenys (28 miljoner år gammal) har nämligen kopplat dagens flodhästar till en släkt av anthracotheres, varav de äldsta går tillbaka cirka 40 miljoner år. Hittills har dock flodhästarnas tidigaste kända förfader varit cirka 20 miljoner år gammal, medan de första fossilerna av valar är 53 miljoner år gamla. Tidsgapet mellan dagens flodhästar och de äldsta valarna fylls därmed med nästan 75 % enligt det nuvarande scenariot.

Denna upptäckt visar dessutom hela den afrikanska faunans historia i ett nytt ljus. Afrika var en isolerad kontinent från cirka 110 till 18 miljoner år sedan. De flesta av den ikoniska afrikanska faunan (lejon, leoparder, noshörningar, bufflar, giraffer, zebror etc.) är relativt nyligen anlända till kontinenten (de har funnits där mindre än 20 miljoner år). Hittills har man trott att samma sak gäller för flodhästar, men upptäckten av Epirigenys visar att deras antracothera förfäder migrerade från Asien till Afrika för cirka 35 miljoner år sedan.